早已对埃及失去兴趣的拿破仑对埃及的未来已经不抱任何希望了，他先后将4名留守埃及的最好的将军（包括德塞）召回了法国，埃及军只剩下克莱贝尔和梅努指挥。土耳其军乘势大举进攻，1801年3月21日，土耳其军占领阿布基尔。6月14日，克莱贝尔遇刺，13天后，开罗被土耳其军占领。9月2日，梅努将军率领他所指挥的11；000人投降了英国人。拿破仑的埃及惨败到此结束。
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甚至在得知克莱贝尔被刺和梅努投降的消息之前，拿破仑就意识到他的这支自1798年在埃及初次登陆以来就没有得到过任何增援，而现在将军死的死，回欧洲的回欧洲——东方军的全军覆没是在所难免的了。
“这次难忘的远征的结果是什么呢？”布列纳回首往事，“是我们最好的一支军队的毁灭，是失去了我们最骁勇的将军，是我们的海军遭到灭顶之灾，是我们失去了马耳他，是英国人彻底控制了地中海。今天在那里还剩下什么呢？科学院吗？”
1801年3月21日，法国在阿兰胡埃斯条约上签字，确认了圣埃尔德枫索（San Ildefonso）条约的条款，使西班牙和法国抱得更紧了。1801年9月9日在马德里签订的另外一个条约使法国军队获得了越过西班牙领土前去攻打葡萄牙的特权。1801年3月，那不勒斯国王和西班牙王室一样，也在法国的威胁之下屈服，同意将他们的港口对英国海军关闭，并将一个名为厄尔巴的岛屿割让给法国。当年早些时候，拿破仑得知丹麦海军在1801年4月2日的哥本哈根的战役中覆没，纳尔逊和海德·帕克结束了他们的“武装中立”的立场。马耳他当然也落入了仍在处处高奏凯歌的英国人之手。1801年4月12日，坏消息传到了巴黎，法兰西的同盟沙皇保罗一世去世。拿破仑立即抢占了波罗的海、地中海和加勒比海（勒克莱尔远征圣多明戈遭到失败）。
当拿破仑在意大利进行马伦哥战役的时候，塔列朗在1801年6月6日签订了法葡条约，该条约是由吕西安·波拿巴草签的，在10月19日进行了修订、批准和交换。该条约不仅将大片南非的葡属新几内亚给了法国，而且大大地抑制了依靠英国支持的葡萄牙海军力量。法国在意大利的胜利为它与英国人的谈判增加了新的筹码，马伦哥战役的胜利和吕内维尔条约的签订使英国失去了奥地利这个同盟国，以英国为首的反法联盟宣告崩溃。1802年2月5日，威廉·皮特辞去了首相职务，由较为顺从法国的阿丁顿接替该职。阿丁顿一直反对前首相仇视法国的战争政策，上任后立即在亚眠开始了和拿破仑政府的谈判，终于在1802年3月25日签订了亚眠和约。
第十九章 革命已告结束（6）
亚眠和约清楚地表明了英国政府对和平的渴求，虽然英国取得过伟大的军事胜利，尽管该条约不仅使英国丧失了大片领土而且名声也受到损害，英国仍然承受。随着美国、葡萄牙、奥地利先后和法国媾和，加之比利时和荷兰都在巴黎的控制之下，新沙皇也承诺不和英国人来往——英国人也别无选择。
亚眠和约是1802年3月25日在法国东北部的亚眠由法国、荷兰、西班牙和英国的全权代表签字的。和约规定：英国将马耳他归还给马耳他骑士军团，埃及归还奥斯曼苏丹；英国除了特立尼达和锡兰岛上的荷兰属地之外，必须将法国大革命以来所占领的一切殖民地归还给法国以及附庸国（荷兰、西班牙）。好望角归还荷兰，其港口向全世界开放；英国退出它在地中海和亚德里亚海所占领的所有港口和岛屿；法国则应从罗马和那不勒斯王国撤军。亚眠和约宣布英国和法国握手言和。
虽然法国和英国之间长期敌对形成的疑云未消，但当劳里斯顿将军将草签的亚眠和约初稿