就在撤军的路上，辽王开始考虑明军从天山撤退的初步善后问题，派人火速通知西域诸将到迪化城商议善后方案，让经营南疆的郭英和朱大能撤军。
辽王还是担心朱大能孤军深入，一时吃不下南疆那么大的地盘，反而陷入南疆泥潭。
尽管辽王每次征战，尽量把出彩的机会留给朱大能，但是朱大能总是有些让他的小心脏受不了。
在经过故唐西海旧城和吉祥城的时候，宋瑛的步兵团配属一个迫击炮连留了下来，就地驻守，卡住帖木儿军从伊犁进犯北疆的咽喉通道，掩护大军撤退。
二月二十六日，辽王带着警卫连先行回到迪化城。
此时魏国公徐允恭、开国公常升等人已经奉旨回京，都督宋晟奉旨以甘肃总兵官的身份节制天山南北诸路兵马。
北路军的薛台等人，南路军的朱大能、火真和两位羽林卫指挥使，都还在后面。只有郭英、宋晟、宋忠、李坚、袁宇、薛?等将领匆匆赶到了迪化。
事起突然，辽王也无暇和诸将商议，果断宣布了撤军方案。
郭英和李坚带来的京军，袁宇带来的晋王护卫，薛?带来的燕王护卫，先行撤离天山，各回原防本卫。
辽东军原来人员，除留下郭骥的步兵第一团和宋瑛步兵第三团，驻守天山南北外，其余人马撤回辽东。
宋忠带来的肃州中护卫还剩下四千来人，暂时留在庭州配合后期屯田，等内地移民到达后再撤离天山。
编入火真骑兵第一团的西安中护卫骑兵，撤到哈密后连同西安左护卫一起，撤回西安，向秦王复命。
辽东军在河西和天山扩编的人员还剩下三千来人，都交给宋晟，加上宋晟新带来的三千河西步兵，总共六千来人，组成留守兵团，分驻迪化、吐鲁番和哈密三地屯守。
宋晟小心翼翼地问道：“殿下，如此一来，留守西域人马估计只有一万三千人左右，也就是两卫兵马，恐怕势单力薄，独木难支啊。”
辽王说道：
“都督放心，撇开朱大能南征斩获不说，帖木儿汗国前后损兵折将十余万，应该没有胆量再和大明叫板。”
“万一遇到帖木儿大举进犯，你就通过仆固义、安克帖木儿等当地部落首领，按照与明军一比一或一比二的比例人数，就地招募义勇，进行协防。回朝之后，我会向朝廷申请为仆固义、安克帖木儿二人封王。二人必将效忠大明。”
“我再让薛台骑兵第四团和背嵬军的部分火枪留给你们。戚祥和整个炮兵团暂时留在迪化，指导河西军训练炮兵，待河西军熟练掌握大炮操作要领后，再让炮兵人员回辽东归建。”
听说辽王要把整个炮兵团的装备都留给他，刚刚恢复甘肃总兵官之职的宋晟激动热泪盈眶。
安排好人员，辽王又提出一个分配处理缴获物资的初步方案。
辽王首先让郭英给应天的老朱送去六千匹战马和五十万两白银。
郭英带领的六千羽林卫骑兵损失过半，李坚带的府军卫步兵在坚守巴里城时也损失一千多人马。
关键是，京军的出动代表着朝廷的支持，政治意义重大，至少代表了老朱对自己私自出兵西域行为的追认，免去后续政治上的无尽麻烦。
辽王又提议，秦府西安中护卫骑兵几乎损失殆尽，补偿十万两白银、六千匹战马、三千把波斯弯刀和三千张弓；燕、晋二王骑兵损失一半人马，补偿相应减半。
当时，大明对将士伤亡标准抚恤极低，士兵阵亡后抚恤金只有二到五两，千户不过八两，受伤致残的则一两没有。
所以辽王特意交代宋晟：“无论是内地汉卒，还是从关西六卫和西域各部所募番兵，凡为大明征战中阵亡或致残，除按大明将士伤亡标准抚恤外