于是盘桓于浙江一带。期间多次参与反清战役，直到在江浙一带最强大的抗清势力吴日生的军队兵败后，马士英亦遁入空门躲避清廷缉拿，后因叛徒出卖，被清廷抓获，最终不屈就义。
令人发指的是，东林党不敢直接否定马士英英勇殉国。黄宗羲等人于是便在明史上的马士英传里玩了个花招，说马士英与阮大铖等人投降了，但清廷发现马士英等人通敌，随后才斩之。东林之恶毒又何止如此？弘光朝覆灭，大臣殉难的有高卓、张捷、杨维桓等，其中张捷、杨维桓是东林党人口中所谓逆党分子，然而二人均在南京城破时自杀殉国。尤其杨维桓，是全家老小一起死节，但是他和马士英一样，在阖家死难殉国后竟然被人污蔑为杀妾潜逃而遭乱兵殴打致死，马士英死的甚为惨烈，清兵剥其皮，实之以草，时东林党人之间有玩笑，讥讽表字为“瑶草”的马士英之死为：“马瑶草生怀瑶死怀草”，可见东林党都是一帮什么玩意了，在南京城破后，清军统帅多铎和宁死不降的弘光朝礼部主事黄端伯之间的一段对话颇能反映马士英的气节。黄端伯听说赵之龙、钱谦益等人献门率众投降，在城门大书数字“大明礼部仪制司主事黄端伯不降”因而被抓捕。在审问中多铎拍案叱喝：“你认为弘光帝是何种人物，想为他一死？”
黄端伯朗言：“皇帝圣明！”
多铎问：“马士英，又怎样呢？”
黄端伯：“马士英，忠臣也！”
多铎又可气又可笑，问：“马士英乃大奸臣，何得为忠？”
黄端伯说：“马士英不降，拥送太后入浙江，当然是忠臣。”
他指着已经剃发易服的赵之龙等人说：“这些人才是不忠不孝之人。”
所谓南明史，就是一卷东林小丑表演的历史画卷，如此而已……
看到杨波陷入沉思，会议便自动转向总结大会，这是旅顺的传统，先是各连排组织士兵开总结会，然后汇总到各营主官，他们也要总结，讨论战斗中的各种不足和教训等，会场里气氛热烈，雷霆师打出了威风，作为各营主官面上有光，讨论起来也是嗓门洪亮。
只有一个人小心的观察着杨波，阮大铖发现杨波脸上不时露出隐隐煞气，偶尔咬牙切齿的样子，仿佛在寻人而噬，阮大铖想了想，起身朝杨波走去。
杨波从沉思中惊醒，挥手让警惕的小五等人退开，笑着对阮大铖道：“集之有何教我？请坐！”
说完，杨波起身恭敬的请阮大铖在他身边坐下，杨波的举动让阮大铖心花怒放，连称不敢，一旁有些紧张的马士英见义兄受杨波礼待，也是暗暗高兴不已。
“大人，小人有些话……”阮大铖依照礼节先给杨波行了个礼，还没说完便给杨波打断了：“集之兄，这如何敢当？集之兄年长于我，我们还是平辈论交吧？”
阮大铖心里一沉，执意道：“大铖投奔大人，自是大人手底一员。与大铖平辈论交，大人莫非是嫌弃大铖阉党身份，不肯收容吗？”
杨波闻言大笑道：“集之哪里话来？瑶草大才，杨波也只能委屈他当个骑兵营军纪官，说实话，并非杨波见外，而是暂时没想到如何妥善安置先生罢了”
听到杨波尊称自己先生。知道杨波看重他，阮大铖顿时大喜，道：“义立而王、信立而霸，大铖只是想问问大人对此话作何想？”
杨波微微一愣，继而大笑，凑到阮大铖耳边道：“先生莫非是效仿商鞅说秦孝公乎？”
阮大铖点头。盯着杨波的眼睛道：“非也，大铖学问不佳，想请教大人，这秦取天下，是王道乎？是霸道乎？”
杨波想了想，认真道：“霸道”
阮大铖又道：“霸道刚烈，始皇帝借此六王毕，四海一。然攻守之势相异，二世而竭，王者施仁政，霸者尚暴力，今观