江户幕府的德川庆喜还政于天皇，幕府政治结束。
“幕”意指军队的帐幕， 帐篷；“府”指王室等收放财宝和文件的地方，江户时代中期以后意味变成了政府机构。有人认为“镰仓幕府”和“室町幕府”事实上是当代用词； 当时人们并未称呼过镰仓和室町政府机构为“幕府”。
由关东武士首领源赖朝创立，成立时间说法不一，一般认为在1180年源赖朝起兵反对平氏政权至1192年被任命为征夷大将军这段时间内。源赖朝实行独裁。其幕府设在镰仓。有负责幕府领域内行政与财务的政所、统辖与源氏结成主从关系的御家人（武士）的待所、和审理御家人诉讼的问注所。将军任命御家人到全国各地任地方行政单位“国”的守护和各庄园的地头。掌握地方警察、征税和土地管理权。镰仓幕府是以将军为首，御家人为骨干的武士政权，与天皇为首的朝廷并存，但握有实机。1199年源赖朝死后，幕府大权渐由源氏外戚北条氏控制。1203年北条时政就任政所首长别当，1213年北条义时兼任政所和侍所两别当职，总辖幕府，称执权。幕府遂由将军独裁向北条氏执权政治过渡。1221年（承久三年），不满幕府存在的后鸟羽上皇发动讨幕战争（承久之乱），旋被打败。战后，幕府流放后鸟羽等3个上皇，废仲恭天皇，另立后堀河天皇，新设六波罗探题以监视皇室，并没收参与叛乱的皇族与贵族的庄园3000余处。幕府权力超过朝廷，甚至干预天皇的继承。北条泰时除设连署，任命北条同族人员担任外。为缓和武士内部的矛盾，争取御家人的支持。于1225年设置评定众，由15名有势力的御家人组成，与北条氏共同参与幕政。1232年公布第1个武士政权成文法《贞永式目》，共51条，为武家法律之本，并逐渐成为全国性的法律，表明镰仓幕府的成熟与巩固。镰仓幕府后期，由于农民反抗和“御家人”贫困，社会矛盾日益表面化，特别是在1274年和1281年的两次抗元战争之后，中小武士因未得赏赐，对幕府日益不满。北条氏得宗（即嫡系）为巩固统治，仅任命本家子弟为评定众与守护，独揽幕府大权。1324年，后醍醐天皇举兵倒幕，1333年下野豪族足利尊氏响应，5月上野豪族新田义贞攻入镰仓，镰仓幕府灭亡。后醍醐天皇亲政，第二年改年号建武，是为建武中兴时期。
足利尊氏不满后醍醐天皇轻视武士利益的政策，于1335年起兵反叛，1336年攻占京都，立光明天皇为傀儡。11月仿镰仓幕府《贞永式目》制订《建武式目》，共17条。在京都开设幕府。12月，后醍醐天皇逃往京都以南的吉野，自称正统，形成南北两个朝廷的对立（见南北朝时代）。至第3代将军足利义满时，幕府达到全盛，1378年在京都室叮建成幕府新址，1392年合并南北朝，实现对全和的统治，朝廷名存实亡。幕府机构进一步完善：将军下设管领，总辖幕政，辅佐将军，由足利民同族的守护大名斯波、细川、畠山3家轮流担任，称“三管领”。其下设待所司警卫、政所司财政、向注司文书、评定众和引付方司诉讼。其中最重要的诗所首长称所司，由山名、一色、赤松、京极四家轮流担任，称“四称”，可见室町幕府实际是以将军为中心的强大守护大名的联合政权。将军直辖领地狭小，直属军事力量少，权力不如镰仓幕府初期的将军。统治各“国”的守护大名，拥有领地、武士和家臣团，具有强烈的地方割据性质，自足利义满时起，守护大名的叛乱事件时有发生。由于幕府和守护大名加紧剥削，各地不断发生称作“士一揆”的地侍、农民联合起义，也动摇了幕府统治。第8代将军足利义政时，爆发统治阶级的大规模内乱应仁、文明之乱（见应仁之乱），从此进入室町幕府后期——战国时代。此后幕府与守护大名势力均一蹶不振，地方领主与武士则趁机发展势力，