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1月25日，拿破仑对他的陆军部长贝尔蒂埃下了一道手谕：“我的意图是要组成一个预备军团，由第一执政亲自指挥。它应分成3个军，每军又分2个师。〃6个星期后，拿破仑又进一步指示道：”成立一个预备军团，共6万人。由第一执政直接指挥。该军团将以第戎为集中地。“
3月初，预备军团在第戎组成，似乎是作为莱茵军团的增援。许多外国间谍迅速赶往第戎。4月初，外国间谍在那里发现了许多没有军队的司令部。这个所谓的预备军团大约只有3000到6000的新兵和服役过期的老兵，其中还有一些残废军。间谍们看到拿破仑于5月6日检阅了这支人数不上7000、大部分没有穿制服的预备军。这些情报飞快地传到伦敦、维也纳和意大利，人们得出一个结论：预备军并不存在。于是，各种讽刺拿破仑预备军团的漫画出现了，其中一幅画中画着一个12岁的孩子和一个装着假腿的残废军人，旁边写着〃拿破仑的预备队〃。梅拉斯也由此断言：“实际上没有什么预备队，只是妄图用一支六七千人的新兵和残废军人来迷惑我们，迫使我们解除对热那亚的包围，诱骗我们扔掉真正的捕获物而追捕影子。〃正当联军司令部兴致勃勃地嘲笑拿破仑的时候，在法国东南部，一支真正的预备军正秘密而迅速地集中在瑞士边境。
由于新宪法中规定第一执政不得亲自指挥军队，拿破仑命令贝尔蒂埃为预备军团总司令，卡尔诺继任陆军部长①。拿破仑坐镇巴黎，通过卡尔诺向贝尔蒂埃下达了一连串命令，贝尔蒂埃实际上只是一个名义上的司令。不久，拿破仑接到贝尔蒂埃从日内瓦发来的急件，要求他迅速赶赴军营，拿破仑决定离开巴黎。
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①卡尔诺在果月18日政变中逃亡瑞士，1799年12月被允许返回法国。
这时马塞纳的处境日益危急。4月20日，他派出一名少校偷越英国海军封锁线，向拿破仑求援。5月5日，这名少校到达巴黎面谒拿破仑，拿破仑随即给马塞纳回复了一封短信，信中道：“预备军团正在加速前进，我本人今夜将起程。我希望你能坚守，至少应守到5月30日。”
为了掩人耳目，防止别人知道他是前去指挥军队，离开巴黎前夕，他当着另外两名执政和各部长的面对吕西安说：“明天写出致各省长的通报，你和富歇送给各报去发表，只说我已出发去第戎视察后备军。你还可以说，我或许最远要去日内瓦，但是要肯定说我离开巴黎不超出15天。你，康巴塞雷斯，明天主持国务会议。我不在时，你是政府首脑。对国务会议也这么说：我离开是短起的，除此之外，别讲任何事。让国务会议确信我对他们的工作完全满意，我希望他们继续下去。你同时还可宣布我已任命约瑟夫为国务会议成员。出什么事的话，我会像雷电一样赶回来。我把法国的一切重大利益全托付给你了，我希望不久维也纳和伦敦就会谈起这件事。”
5月6日凌晨2点，拿破仑一行出发了。他们是沿着勃艮第大路行进的。沿途拿破仑谈兴甚浓，他大谈古代的军人，如亚历山大、凯撒、西庇阿和汉尼拔，他对这些统帅的地位和各人的手段研究得非常透彻。当问及他是更佩服亚历山大还是凯撒时，他说：“我把亚历山大列入第一流，我也佩服凯撒在非洲的漂亮仗。我更钦佩那位马其顿王的理由是他对亚洲战役的构想，尤其是其实施。责怪这位王爷花7个月时间围攻泰尔是没有战争观念的。要是我自己，如有必要我会在那里留7年。这是个庞大的课题，就我来说，我认为围攻泰尔，攻占埃及，以及进军阿蒙绿洲是这位伟大主将的天才的证明。他在格兰尼格斯和伊萨斯两战中只挫败了波斯王的先头部队，他愿意给后者时间集中起全部兵力，以便一击之下推翻这个他刚刚动摇了的庞然大物。亚历山大若是穷追大