一、藏（后藏，今西藏西部）
二、卫（前藏，今西藏中部）
三、喀木（也简称康，今西藏东部及四川省最西部）
四、青海（青海湖及柴达木盆地，二十世纪二十年代改称青海省）。
喇嘛教主八思巴，于十三世纪时，被蒙古帝国加封为蒙古国师。在八思巴领导下，僧侣们都穿红色袈裟，并娶妻生子，因之称为红教。政治权力加上靡烂生活，使红教日趋腐败。十四世纪五十年代，一位改革家在青海西宁城附近一个藏民部落中降生，名宗喀巴，他是喇嘛教的马丁，路德。十四岁时就当红教僧侣，二十岁时就大胆地提出改革方案。他改穿黄色袈裟，禁止娶妻，以便全心全意宣扬佛法。因之被称为黄教。改革在极端和平中进行，没有经过欧洲式宗教改革那种血流成河的屠杀场面。红教终于衰落，黄教一天比一天兴旺。
宗喀巴是一位最有想像力的大师，他为喇嘛教创立一个别开生面的权力继承制度。他有两位门徒，一名达赖，一名班禅。宗喀巴宣称这两位门徒都是佛陀投胎，永不死亡，肉体虽然毁坏。但灵魂却立即再转生世界，永远不灭。达赖、班排在肉体毁坏（死亡）时，事先就预言他的灵魂要到某一个方向或某一个地方，以化身重生。逝世之后，先由大喇嘛（拉穆吹忠）四个人，诵经作法，然后分别出发去寻觅他身 灵童。找到之后，迎回拉萨，经过一段时间的宗教教育，等灵童年龄稍长。再举行坐床大典。成为喇嘛教的正式教主。坐床，就是坐在一张只有教主才可以坐的神秘宝床上，等于皇帝地登极大典。当然隆重非凡。
宗喀巴于十五世纪逝世，达赖以大门徒身份，继承为喇嘛教教主，班禅以第二门徒身份充当副教主。从此之后，就实行化身（呼必勒罕）统治。十六世纪时，那位使明政府招架不住的蒙古俺答可汗，曾恭迎达赖三世到青海讲道，蒙古人从那时候起，开始接受黄教。数十年前，四卫拉特之一的蒙古和硕特部领袖固始汗。从天山北路侵入青海（青海省）与喀木（西藏东部及四川省西部）。这时候，达赖、班禅同住在前藏的首府拉萨城，而仍信奉红教的土王之一的藏巴汗，居住在后藏的首府日喀则城，跟黄教对抗。达赖宗教政府的最高执政官（第巴）桑结，向固始汗请求援助。固始汗接受这个邀请，出兵把藏巴汗杀掉，把原属于藏巴汗地后藏土地，奉献给教主。于是达赖仍住拉萨。而班禅则迁到藏巴汗所住的日喀则。固始汗大功告成之后，返回青海，留一个儿子率领蒙古军队，驻防拉萨。
后来，达赖五世逝世，桑结秘不发丧，仍用达赖的名义，为自己向康熙请求封号，康熙不知道内情，就加封桑结为土伯特国王。后来，事情败露，桑结又急急忙忙找了一位名札阳嘉穆磋的灵童宣称他就是化身，举行坐床大典。桑结向清廷报告说，他秘不发丧的目的只不过为了安定民心。康熙自然知道他是在胡说八道，但因为自己也有不少事情没有解决，便没有追究。
当时，西藏的政治形态是：三巨头并立。土伯特国王桑结主持行政，喇嘛教主达赖六世主持宗教，和硕特汗国王子拉藏汗主持军事。
不过，这西藏的“三驾马车”，相互制衡的同时也有着严重的冲突。并且，很快便表面化。拉藏汗对桑结国王事先没有征求他地同意，就确定谁是达赖化身，大不满意，对外宣称他将抵制到底。桑结认为拉藏汗不服，担心自己地地位受到威胁，决定把拉藏汗毒死。拉藏汗得到消息，先下手为强，一七〇五年，发动突击，想把桑结杀了，结果桑结见机的快，提前逃脱，并找到一伙忠于自己的军队，与拉藏汗进行了一场争夺。结果，这个时候，固始汗过逝，青海地统治者之位虚悬，被一直虎视眈眈的阿拉布坦得到机会。于是，准葛尔大策零敦多长途奔袭，趁机拿下了青海。后来，拉藏汗打败了桑结，又囚禁