01年，当时礼来公司（Eli Lilly）借以一举成名的抗抑郁药百忧解（Prozac）的专利到期了。同年，阿斯利康公司（AstraZeneca）失去了Prilosec的专利，这个治疗胃痛的“紫色药丸”在其顶峰时期曾给公司带来每年高达60亿美元的收入。百时美施贵宝公司失去了它最畅销的抗糖尿病药物格华止（Glucophage）的专利权。近几年内，会有多种药物专利期满，这种现象非同寻常。对制药业而言，这意味着巨大的损失；对个别公司而言，可能是灭顶之灾。2002年，先灵葆雅公司的畅销抗过敏药克拉瑞汀（Claritin）专利权到期之时，该药物的收入占整个公司收入的三分之一。克拉瑞汀现在作为非处方药，价格大大降低。迄今为止，该公司仍无法弥补这个损失，它正试图让克拉瑞汀的使用者去使用Clarinex——这种药与克拉瑞汀本质上完全一样，只不过仍然可以享受专利罢了。
更糟的是，当畅销药物专利期满之后，流水线上几乎没有别的药物可以取代它们。这正是制药业现在面临的最大问题，也是它最不为人知的秘密。对公众宣扬的所有创新只不过是为了掩盖这个事实。新药已经根本接不上趟，而且就算是新药也根本没有丝毫创新之处。相反，绝大多数是对旧的畅销药的改造——模仿性创新药。制药公司将生产线进行整合，或是对同种药物进行共同推销，同时不断地从政府、大学和生物科技公司那里攫取获得专利的新药。但是这些源头本身也面临着推出新药的困难。
2002年，FDA批准的78种新药中，只有17种包含了新的有效成分，并且只有7种被FDA认为是对旧药有所改进的。剩下的71种新药仅仅是旧药的改造，并且与已上市的旧药相比，疗效不会更好。换句话说，它们是模仿性创新药。78∶7的比例可不算高。此外，这7种中没有一种是美国大型制药公司研发出来的。
失去支持
有史以来第一次，这个行业巨人感到了自身面临着严重困难。就像该行业的一个发言人声称的那样，它正面临“一场完美风暴”。自然，其利润仍比其他行业高出许多，但是近来确实有所下降，并且对某些公司来说利润下降非常之大。这对投资者而言是至关重要的。华尔街并不关心你今天的利润有多高，它只看你明天的利润会有多高。一些公司的股价已经直线下跌。不过，制药业仍在不断吹嘘其光辉灿烂的明天。它寄希望于人类基因组图谱的绘制以及遗传学研究的突破能够催生出大量重要的新药。不用说，大型制药公司的创新依赖于政府、大学和小型生物科技公司。这样的预言听起来就像是塞谬尔·贝克特的荒诞剧《等待戈多》一样，两个男人坐等着某事的发生，不断地告诉对方下一分钟事情就会发生了。尽管我们承认遗传学上的发现会对治疗产生影响，但事实上，从基础研究到制成新药期间要经过许多年。与此同时，大型制药公司曾经坚固的基石正在动摇。
随着麻烦不断出现以及公众对高价药物不满情绪的高涨，华盛顿对制药业的坚定支持开始动摇。2000年，议会通过法案弥补了《哈奇—维克斯曼法案》的一些漏洞，并且允许美国的药店和个人从几个药价较低的指定国家进口药物。特别是，它们可以从加拿大回购那些出口到那里的、FDA批准的药物。“再进口”美国市场上已有的药物，这听起来十分愚蠢，但是，即使加上运输成本，这样做也比在美国本土买药便宜。但是，该法案要求美国卫生与公共事业部（Health and Human Services，简称HHS）部长证明这一行为不会给公众带来“额外的风险”，而克林顿政府和布什政府的部长们在制药业施加的压力之下，都拒绝做出这样的声明。2003年，白宫提交了一项草案，其中不包括上述规定