因為鄧鏗非常忠心於孫中山。陳炯明計劃排擠或除掉孫中山周圍的高級軍官，使其孤立無援；然後他再逼迫孫中山推遲甚至放棄北伐計劃。
蔣介石強烈要求孫中山將他的部隊秘密開進廣州，重建其大元帥的權威，然後清除廣西殘餘桂軍，最後出征北伐。
4月，孫中山的部隊開到廣州。這時，陳炯明拍電報給孫中山，請求辭去他的幾個主要職務‐‐這是傳統的拉開距離的中國方式。孫中山批准了他的辭呈，但要求他仍留任陸軍部長職，陳炯明拒絕孫中山的挽留，將他的部隊開回老巢‐‐廣州東部的惠州，在那裡靜觀事態的發展，等待時機。
蔣介石強烈要求進攻惠州，然後平定廣西，但孫中山又一次拒絕了蔣介石的建議。惱怒之下；蔣介石回到上海。4月22日他寫信給陳炯明，呼籲他與孫中山團結合作，參加北伐。陳炯明未予理睬。
陳炯明與北方軍閥的暗中勾結現在公開化了。這些北方軍閥都有自己的代表在北京政府內任職。北洋政府致電孫中山，要求他辭職，陳炯明及其手下公開支持這種要求。
6月16日，陳炯明倚仗北洋政府在政治和軍事上的支持，公然派他的部隊炮擊孫中山的官邸，企圖謀害孫中山。
這時，蔣介石還在上海，他後來回憶說，陳炯明曾向他的部下許諾，如果能殺死孫中山，則犒賞20萬美金，他還要洗劫廣州城三天。
孫中山堅持到最後，只是在他的同志們的勸說下，才離開廣州。在廣州的大街上，他一度與叛軍相遇，但僥倖的是未被認出來，孫中山逃到停泊在黃埔港的&ldo;永豐&rdo;號軍艦上。
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