战舰无多，乃与骆秉章协商，督率船砲局各员，尽力筹谋，水师复振。湖南绅局所制船械，交至营中者，大小战船凡三百馀艘，火药四十馀万斤，砲子一百四十万斤，其馀各械咸备，请优诏奖之。水师重在砲位，广东运到洋砲二百尊，续运六百尊，配置各师船，自武、汉至九江，所向克捷。惟长江水战，上下游形势不同，武、汉以上，利用轻便战船，浔、皖以下，江面渐广，利用巨舰，秋冬风劲宜巨舰，春夏宜小艇，船砲之大小，宜因时因地而损益之。请令两广督臣，续购大小洋砲，自四百斤至一千五百斤，凡八百尊，尽易旧式砲位，以利东征。八年，以天津原设水师，道光间，先后裁撤，乃筹复设，以重海防。令福建、广东疆吏，各抽调大号战舰，备齐砲械，由海道驶赴天津，设水师三千人。十年，令清淮筹防局筹款，为防湖水师常年经费，增设淮扬水师营，以保两淮盐场，兼佐陆军。芜湖孤悬水中，令曾国籓筹设宁国水师，以攻芜湖，为克金陵之本。增设太湖水师，为克苏州之本。
同治二年，谕沿海督臣举水师将才。又令曾国籓所部内江水师，都兴阿所部扬防水师，有胜外海水师之任者，各举以闻。四年，在山东省仿长江战船之式，造长龙、舢板船，于黄河水性驾驶合宜。以水师泊黄、运二河，防堵逸寇，必须分段扼守，而地势绵长，不敷调遣。复由山东增造长龙船，并增舢板船十艘，以武职大员督领巡防。五年，改造江南海口之红单广艇三十艘，合原有广艇凡四十艘，分防海口。六年，整顿福建台湾海防，增置龙艚等船。
七年，曾国籓议改水师之制，以江南水师，向分外海、内河二支，外海水师六千七百七十六名，武员一百十八人，内河水师八千二十一名，武员一百三十三人。船数则近稽道光二十四年江南旧例，水师船二百七十五艘，朽坏居多，别造舢板船一百三十五艘，大䏝船十二艘，约计各船不过载兵二千数百人，而额定之兵数，尚有万馀人。徒费饷项，有水师之名，无舟楫之实，宜大为变通，讲求实际。江苏水师，其营制饷章，悉仿长江水师之例，外海之红单广艇，亦略增其饷，与李鸿章、丁日昌诸臣协力筹办，期于外防与内盗并谋，旧制与新章兼顾。俟章程既定，沿海福建、广东各省水师，均可酌改行之。
八年，部臣定议，从曾国籓所陈，改江苏水师为内洋、外海、里河三大支，以资控御。里河水师，以原设提标右营，太湖左营、右营及增设淞北、淞南二营为五营，隶提督统辖。舢板船每营船数不等，一律兴修，不得缺额。所有太湖七营，改为里河五营，其裁员归并提标序补。马新贻等续议，九江水师营改城守营，设陆汛四处。鄱阳营改陆汛二处。洞庭水师营改龙阳城守营。岳州水师营酌留水兵，隶陆路管辖。荆州水师营酌留弁兵有差。九年，谕定安等以宁灵各军，运饷艰难，增造砲船，由黄河运送。所有大小战船三十二艘，编为一营，设统带等官。
十年，沈葆桢以外海兵船制成，应简知兵大员督率操练。寻以福建水师提督李成谋为兵船统领。是年，曾国籓以江南水师章程初议十四条，嗣由马新贻等增为二十五条，乃删减归并定为二十一条。外海六营，以次巡哨。内洋五营，分定汛界。里河五营，分定汛界。淞南营