江南水师，顺治初年，江苏松江等营，各有捕盗小快船四十艘，常州、镇江等营，各有一、二十艘不等。自康熙七年，查毁沿江海各营出海之船，其内河快船，亦从裁汰。嗣巡抚马祜、提督杨捷疏请苏、松、常、镇四府，各塘汛设水师巡船三百二十五艘，以靖水盗。雍正元年，江苏、浙江督抚会商，以太湖连跨二省，夙为盗薮，乃于湖滨各口，增设水师营汛巡船，分界巡防。其湖内各地，系二省交会者，令参将各率水师会同巡缉。五年，令京口八旗营仿天津水师之制，设京口水师营，分拨京口大小战船二十艘至江宁练习。其驻宁水师，凡满洲、蒙古兵千人，设协领四人，佐领、防御、骁骑校各十二人。是为江南水师之始。
镇守京口左右两路水师，设统兵官二人，分统左右营，各置沙船二十八艘，水艍船八艘，犁缯船八艘，舵椗手二百二十人，水手、匠役四百九十二人。康熙二十一年，改隶江南提督标下，分为中、左、右三营。三十六年，裁总兵官，设副将以下各官，每营设沙船二十三艘，唬船七艘，小巴船四艘，水手四百六十八人。自雍正二年后，迭有改拨，每营存唬船二艘，小巴唬船七艘，渡马浅船六艘。
江南提督水师标兵，顺治四年，始设参将以下各官，分为中、左、右、前、后五营及城守六营。中营唬船一艘，巡船十五艘，中号四橹哨船二艘，桨橹快哨船二艘。左营唬船三艘，巡船十五艘，中号四橹哨船二艘，桨橹快哨船二艘。右营浦江游巡哨船四艘，改设哨船一艘，桨船一艘，二橹哨船一艘，巡船七艘。前营中号四橹哨船二艘，桨橹快哨船二艘，巡船二十二艘。后营唬船一艘，中号四橹哨船二艘，桨橹快哨船二艘，巡船八艘。
松江城守营唬船一艘，中号四橹哨船二艘，桨橹快哨船二艘，巡船一艘。
金山营巡船十三艘。
柘林营巡船四艘。
青村营巡船二艘，小哨船一艘。
南汇营大罟船二艘，小哨船四艘。
川沙营捕匪大罟船三艘，放大罟船三艘，大罟船二艘，小哨船二艘，小号二橹哨船二艘。
刘河营巡船八艘。
吴淞营沙船三艘，艍犁船四艘。
福山营沙船四艘，官渡船四艘，巡船十六艘，后改为福山镇标，设总兵以下各官。
太湖营沙船、快船、巴唬船共三十二艘，后改为太湖协标，设副将以下各官。
常州营巡船二十九艘。
江阴营唬船二艘，巡船七艘。
靖江营唬船二艘。
杨舍营巡船二艘。
镇江城守营，顺治十五年，设镇守苏、松水师总兵官，分中、左、右水师三营，各设沙船九艘，趕缯船五艘，寻改为参将等官，设巡船二十三艘。
江南督标游兵营，顺治初年，隶操江巡抚标下，设游击以下各官，大唬船一艘，小唬船二十七艘。康熙元年，裁并入督标。
奇兵营，顺治初年，随操江巡抚赴安徽省驻防，改为太平右营，设游击以下各官。康熙元年，裁并入安庆营。
瓜洲营，顺治二年，设守备以下各官，专防江北水汛，唬船八艘。康熙元年，改为参将，并入江南督标。十一年，改为瓜洲城守备，唬船八艘。其各县分防水师，宝应汛船十五艘，氾水汛船十四艘，永安汛船二十三艘，高邮汛船十六艘，江都汛船十四艘。
淮安庙湾营，顺治初年，设游击以下各官，沙船五艘，唬船四艘。
佃湖营，雍正九年，由庙湾营分防，设都司以下各官，沙船三艘，巡船四艘，唬船一艘，内河巡哨船一艘。
营城营，顺治三年，设守备以下各官，唬船四艘，小巡船四艘。乾隆十一年，改为唬船一艘，巡海哨船二艘，三号四号沙船二艘，小巡船四艘。