“天津教案”发生后，以法国为首的七国公使向总理衙门联合提出抗议，大批外**舰也前来天津海面巡弋示威，局势极为紧张。当时德高望重但年迈多病的直隶总督曾国藩受命处理这事，不料却发现形势远比他所预期的更为棘手，法国方面要求将仇外最凶的陈国瑞将军以及天津知府和知县全部处死，而保守的中国官员和士大夫文人则吵嚷着反对作出任何让步或安抚。在这种紧急情况之下，曾国藩表现出了非凡的正直和胆略，他没有迎合公众愤怒的情绪，也没有屈从于外国的压力，而是决定先弄清楚案件的是非再说，他劝说朝廷先对英，美，俄三国进行赔偿，使他们不致被卷入到法国人的案件当中去，旋即亲赴育婴堂直接向儿童进行了解，结果弄清楚了他们并非是拐骗而来，事情真相大白了，他随即请求朝廷发布声明“辟谣”，为外国教堂“恢复名誉”，然后开始对案件做出处理，他建议将十五名元凶处死，天津知府和知县撤职，另外二十一人流放，可这一下却惹恼了守旧顽固派，他们迎合群众的不满情绪，当即指责曾国藩卖国，北京的湖南会馆将装饰在墙壁上的曾国藩手书对联付之一炬，曾文正公就此“晚节不保”，落下骂名，成为他晚年的一件恨事。
由于事态出人意料的恶化，局势有一触即发之势，李鸿章被调来接办此案，幸运的是，此时欧洲发生了普法战争，法国国内局势动荡，腾不出手来对付中国，李鸿章迅速借此机会将此事予以解决，事情最后的处理结果是，中国赔偿法国损失四十万两白银，处死八人，充军流放二十五人，天津知府张光藻，知县刘杰被革职充军，北洋通商大臣崇厚还亲自前往法国道歉。1871年11月23日，刚刚镇压掉“巴黎公社”的法国临时总统梯也尔对崇厚说，“法国对处决几名肇事者不感兴趣，而是期望取得持久的和平和秩序。”随后接受了中国方面的道歉信，“天津教案”引起的危机就此结束。
可是事情还没完，“天津教案”表明，受外国势力保护的传教士及外国教会甚至可以凌驾与地方官府之上，一些教民在和普通民众发生矛盾冲突的时候，常常通过传教士介入诉讼，传教士又向官府施加压力，这样一来的结果，往往是教民一方获得胜利。因为如果地方官不肯屈服的话，传教士则有可能通过上级主教借北京的外国公使们之手向总理衙门施压，总理衙门稍有抗拒，这些公使们便动辄恫吓要自行保护教会的利益。由此，总理衙门不胜其烦，只得责令地方官府尽可能的就地解决这些民教争端，不要捅到上面来，地方官因而不得不“袒教而抑民”，以求快速解决。这样民众在民教冲突中便失去了国家公权力的保护，而只能在赤手空拳，毫无防护的状态下与教会和一些无赖教民进行抗争，而民众的这种冤抑情绪一旦爆发出来，后果则是难以想象的。
这些情况，连自以为“了解历史”的孙纲以前都根本不知道。
现在的情形是，总理衙门和地方官员一听到和教会有关的案子就“哆嗦”，他们也深知目前处理这种问题的“危险性”，一个不小心就得丢官罢职，还得冒着被人骂得狗血淋头的危险，而目前，他们可能还不知道，孙纲就是要借着这种形势，和那些保守派文人们开一个“灰色”的大玩笑。
在他的“授意”下，北洋军情处“驻京办”立刻开始了秘密活动。
不久，一个叫安维俊的御史上奏朝廷，说“现各地民教相仇，势同水火，而朝廷处置失当，地方官畏于外人之势，抑民过甚，民怨不得申，因而私相报复，舆情鼎沸，每有杀教民毁教堂之举，遂遗他国以口实，”若不设法处理好这个问题，会形成恶性循环，“长此以往，恐成燎原之势”，他建议“仿理藩院旧制”，设立一个专门机构来处理这类问题，“使彼传教士及教民知我圣人之教诲，我亦明彼耶稣之言行，”这样不但起到一个文化交流的