，就上疏皇上，推举属于“人品正大、心事光明、急宜起用”的被撤职官员共一百三十八人，列在第一批的有顾宪成赵南星邹元标高攀龙等。不久，孙丕扬又第二次上疏，请求把一些“循良、年深”被斥退放逐的官员，分别授以官职，填补到两京、部、寺、科道中，列在前面的仍有顾赵邹高及冯从吾等，皇上只是草草一看，费了一番踌躇，拿起朱笔在顾宪成的名字下，划了一道红扛。
此时顾宪成的家乡——江淮一带正在发大水。接连数日的大雨，使河水暴涨，转瞬间变为汪洋，数十万灾民无家可归。顾宪成致信李三才，请他向朝廷报灾，请求赈济，信中写道：“此非区区（我）一人之意，是为了东南亿万生灵，若救得此一方性命，蚕桑保障俱在其中，为国为民一举两得矣！……”李三才阅信后，立即向朝廷上奏，很快灾民得到了粮食及日用品，与此同时，经过李三才的努力，江淮一带的海州、盐城数十州的马价钱粮也一一免掉了。
六
当顾宪成从邸报上看到“奉旨顾宪成起升南京光禄寺少卿添注”时，他真是百感交集，并且心存犹豫。十四年前他在吏部文选司任上，因推举阁臣违背圣意被罢官，至今仍记忆犹新。皇上还是原来的皇上，只不过更加不务正业，二十余年不上朝不见百官；而自己依然是一副耿介的性子，遇到伪善和违背儒家传统的事情，肯定还会挺身而出不计利害，其结果可想而知 ？
眼下自己虽说被皇上起用，官加一级，是一件光耀的事情，可相比之下，他还是更留恋亲手创办的东林书院，和那二百多门人弟子。书院重建四年，已具规模，成为了江浙一带学子们仰望的圣地，且培养出一批道德学问俱佳的人才，正如海内评说的那样，自东林讲学以来，忠节之士接踵而出，风气日新，贤良迭出，人们趋义如流，纷纷以关心国事倡说气节为荣。……顾宪成漫步在飘溢书香的石坊长廊中，###着枝叶繁茂的古树，回忆起学子们刻苦读书勇于提问的风貌，他真有些舍不得离开自己用心血浇灌的这片家园。
他是在内心充满矛盾中，离开无锡乘船去南京赴任的。临行前，他收到好友赵南星的一封来信，信中侪鹤先生写的第一行字，就是劝他“勿出” 。这位与自己同庚的老友态度极为坚决，不仅劝顾，而且表示自己也绝不出山，此外他还预言，东林先生（顾宪成）的船划不到南京，就会返回；他的理由是东林先生舍不下他的书院。
顾宪成的船走了一多半的路程，便停在了丹阳。原因是折磨他多年的老病——头眩病又犯了。他打算在这里静养几日，看情形再说。家人上岸抓药，顺便带回邹元标的一封回信 。因顾滞留丹阳当天曾给邹写过一信，信中诉说了自己的矛盾心态，邹读后及时写了回信，并派专人送到丹阳。顾宪成拆开信细看，只见上面写道：“吾辈老矣。入朝是为当官还是为国家 ？当官能光宗耀祖，可不是我辈所追求的；想为国家出力，施展抱负，又谈何容易？何况朝局又是那么令人失望？……”当晚，顾宪成苦思良久，直到天明，他最终拿定了主意。吃过早饭，他便吩咐船夫调转船头，顺原路返回无锡。
到家后，他立即给皇上写了篇奏疏，题为《奏为衰病交侵恳恩休致事》，疏中称自己年已六旬，面目昏花两耳重听，起居尚须搀扶，怎能上任驰驱，请求休致（退休）。亲朋们都知道这不过是一篇表面文章，而东林先生的真实想法，流露在他给李三才写的一封信中：“书院与我有割不舍得一世情缘。年来书院声气渐盛，两三同志日切月磋，一但委而弃之， 有所不忍；再说时局艰难，我若出山必受挫，弟有所不敢……”
皇上听太监读了顾宪成的辞疏，并没有十分在意，他眼下关注得是内阁首辅人选一事。他已物色了前首辅王锡爵，并已在数月前派专使去江苏太仓征召，专使已经返京，可王