后司马道子当国，以及晋孝武帝嗜酒成性，《晋书》说“醒日既少”，优柔寡断，导致东晋政局再度陷入混乱。
晋孝武帝由于对他当时宠信的张贵人开玩笑说：“你已经快要三十岁了，按年龄应该要被废弃了”，导致当晚张贵人一怒之下杀了他。死后葬于今江苏南京的隆平陵。
宁康三年（375年），14岁的司马曜加元服，正式临朝亲政，改年号为太元，以谢安为辅政。太元三年（378年）春，帝移居会稽王邸。亲政的头三年，他改革收税的方法，放弃以田地多少来收税的方法，改为王公以下每人收米三斛，在役的人不交税，被称为东晋末年的复兴。但是后来孝武帝嗜酒成性，《晋书》说“醒日既少”，又优柔寡断，导致东晋政局再度陷入混乱。司马曜在亲政的同年八月，册立了他的皇后王法慧。王法慧是太守王蕴的女儿，比司马曜大三岁。当初议立皇后的时候，大家一致认为王家名声好，养出来的女儿也一定性情柔顺、四德俱全、可以母仪天下。然而这位王皇后却让所有的人都大失所望，她不但骄奢悍妒，而且还嗜酒，行为粗鲁，举止不端，尤其擅长借酒装疯，闹得司马曜的后宫鸡犬不宁。司马曜十分苦恼，只好向岳父王蕴求助，将自己的遭遇如此这般加以控诉一番。王蕴惶恐，也过意不去，摘下帽子向女婿皇帝赔礼道歉，此后王法慧略有收敛。5年之后，21岁的王皇后病逝，谥号“定皇后”，葬于隆平陵。18岁的孝武帝总算恢复了自由。
孝武帝司马曜，是东晋王朝比较有作为的皇帝。在他称帝的24年里，晋王朝多少出现了一些振兴之象，还曾经创造了军事史上的奇迹“淝水之战”。太元八年（383年），前秦苻坚“帅众渡淮，（司马曜）遣征讨都督谢石、冠军将军谢玄、辅国将军谢琰、西中郎将桓伊等距之。”“诸将及苻坚战于肥水，大破之，俘斩数万计，获坚舆辇（车驾，多为天子所乘）及云母车（帝后所乘）。”
淝水之战是中国历史上著名的战役，发生在东晋太元八年（383年）8月至12月。前秦苻坚下诏，大举攻晋，试图灭之，于是淝水大战爆发。苻坚亲率步兵60万、骑兵27万、羽林郎（禁卫军）3万，共90万大军从长安南下，绵延数千里，水陆齐进，仅运粮船只就有万艘。同时，苻坚又命梓潼太守裴元略率水师7万从巴蜀顺流东下，向建康进军。苻坚骄狂地宣称：“以吾之众旅，投鞭于江，足断其流。”这就是著名典故“投鞭断流”的来历。东晋北上抗击秦军的总共兵力才8万，在宰相谢安的主持下，以谢石为大都督，谢玄为前锋，主力军队就是闻名天下的北府兵。东晋建都建康（今南京），军府设在建康之北的广陵（今江苏扬州市），故称军府曰北府。
当时秦军前锋苻坚之弟苻融兵30万首先到达颍口（今安徽颍上县），秦军初战告捷，苻融攻占了寿阳（今安徽寿县），与此同时，秦军慕容垂部攻占了郧城（（今湖北郧县）。而且截断了东晋派来救援军胡彬的退路，将其团团包围在硖石（今安徽凤台西南）。苻融赶快送信给苻坚说：“敌人少而且易捕获，就是担心逃跑了，请赶快派大军过来。”苻坚见信大喜，灭东晋心切，留大军于项城，带轻骑八千赶到寿阳。这时候无论是苻坚或者是苻融都认为东晋已是刀翥之肉，于是派出原东晋太守朱序去劝降。朱序原是东晋襄阳守将，公元378年，苻坚派出大军围攻襄阳城，朱序顽强抵抗坚守了一年，朱序多次出城作战，屡破秦军。后来朱序部将李伯护秘密派其子送信秦军，愿做内应。苻坚派兵加紧攻城。城破后，苻坚没有杀他，反留在身边重用。
朱序到了谢玄营中，将秦军部署完全和盘托出。并建议，趁秦军未完全集结，迅速出击。谢石本来是打算坚守不战，听了朱序的话后，便改变了作战方针，决定主动出击。11月，谢玄派刘牢之率精兵五千到