国魏张晏注：“迁没之后，亡景纪、武纪、礼书、乐书、兵书（按：即律书）、汉兴以来将相年表、日者传、三王世家、龟策列传、傅靳列传。元成之间，禇先生补缺，作武帝纪、三王世家、龟策、日者列传，言辞鄙陋，非迁本意也。”可见司马迁编写史记，只能说是基本上完成，其中有若干篇，或者没有写定，或者已经定稿而后来散失了。
张晏所认为禇少孙补的武帝本纪没有标明“禇先生曰”，全篇又是从封禅书里截取的。清人钱大昕在他写的廿二史考异中说：“少孙补史皆取史公所缺，意虽浅近，词无雷同，未有移甲以当乙者也。或晋以后少孙补篇亦亡，乡里妄人取此以足其数耳。”傅靳蒯成列传所叙三侯立国的年代都跟功臣表相符，文章格调又很像太史公，禇少孙补作不会那样完密，他也未必写得出那样的文章。所以张晏的话也未可全信。后人大多数不同意张晏的说法，但《史记》残缺是确凿无疑的。
汉元帝、汉成帝时的博士褚少孙补写过《史记》，今本《史记》中“褚先生曰”就是他的补作。其中《武帝纪》、《三王世家》、《龟策列传》和《日者列传》四篇由汉博士褚少孙补缺。
《汉书。艺文志》载冯商续补《太史公》七篇，韦昭注云冯商“受诏续《太史公书》十余篇”，刘知几认为续补《史记》的不只是褚、冯两家，而有十五家之多。
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司马迁创作的《史记》比较广泛地传播流行，大约是在东汉中期以后。成为司马迁著作的专称，也开始于这个时候。据现知材料考证。最早称司马迁这部史著为《史记》的，是东汉桓帝时写的《东海庙碑》。在这以前，《史记》都称为《太史公书》、《太史公记》或简称《太史公》。
《史记》有两部。一部在司马迁的工作场所（宫廷）；副本在家中。在汉宣帝时期，司马迁的外孙杨恽开始把该书内容向社会传播。但是篇幅流传不多，很快就因为杨恽遇害中止。
《史记》成书后，由于它“是非颇谬于圣人，论大道则先黄老而后六经，序游侠则退处士而进奸雄，述货殖则崇势利而羞贱贫，此其所蔽也。”（《汉书。司马迁传》），被指责为对抗汉代正宗思想的异端代表。因此。在两汉时，《史记》一直被视为离经叛道的“谤书”，不但得不到应有的公正评价，而且当时学者也不敢为之作注释。
在西汉即使诸侯都没有全版的《太史公书》，东平王向朝廷要求赏赐宫廷中的《太史公书》也遭到拒绝。因为《史记》中有大量宫廷秘事，西汉严禁泄露宫廷语，因此只有宫廷人员才能接触到该书。汉宣帝时褚少孙在宫廷中阅读该书，其中已经有些篇幅不对宫廷官员开放，到班固父子时，宣称缺少了十篇。班固家被皇室赐予《太史公书》副本，其中也少了十篇。
东汉朝廷也曾下诏删节和续补《史记》。《后汉书。杨终传》云，杨终“受诏删《太史公书》为十余万言”。表明东汉皇室依然不愿全部公开《史记》。只让杨终删为十多万字发表。被删后仅十余万言的《史记》，在汉以后即失传，以后一直流传的是经续补的《史记》。
唐初，《隋书。经籍志》在介绍《史记》、《汉书》的流传时说：“《史记》传者甚微”，司马贞说“汉晋名贤未知见重。”（《史记索隐》序）
汉晋时期对《史记》也有一些积极的评价，如西汉刘向、扬雄“皆称迁有良史之材，服其善序事理，辨而不华，质而不俚。其文直，其事核。不虚美，不隐恶。故谓之实录”。（《汉书。司马迁传》）西晋华峤也说：“迁文直而事核。”（《后汉书。班彪传论》。据李贤注，此句为“华峤之辞”。）在晋代，也有人从简约的角度夸奖《史记》。张辅说：“迁之著述，辞约而事举，叙三千年事唯五十万言。”（《晋书。张辅传》）这些评价虽然不错，