艾丽丝从上部的丧尸群中逃离，可是她却依然逃不出这场恶梦。经过安布雷拉公司地下生化实验室的改造，她被赋予了超人的力量速度和感知能力，现在她必须担负起保护人类的工作，继续开始与丧尸的战斗。
t病毒仍然在浣熊市内肆虐蔓延，那些感染病毒的丧尸也成为威胁整个人类的因素，必须在它们更加强大之前找到t病毒的来源和有效控制它的方法，以解决整个人类陷入基因突变的绝境。为了这个目的，同时也是为了找出和拯救浣熊市内可能幸存的同胞，艾丽丝和刚刚被保护伞公司抛弃的特种防卫队队员卡洛斯、s。t。a。r。s队员吉尔以及佩顿、l。j。、尼克莱以及队长卡洛斯组成调查组，再一次深入到浣熊市腹地。
除了面对丧尸大军、变种怪物，他们遇到了更加强大的敌人，这个被称为“追踪者”的怪物是第一集中受伤的马特在接受安布雷拉公司的“复仇女神计划”之后变异而成，它被输入了毁灭一切生物的指令，并且它还拥有强大的电磁炮和火箭弹拥有惊人的破坏力。而艾丽丝却也是这个计划的一部分，身为“追踪者”的马特和有超强能力的艾丽丝，在最后的对决中，马特死了，而艾丽丝则乘坐直升机逃离了浣熊市。
故事最终，安布雷拉公司在逼不得已的情况下，开启最终计划“消毒”，“消毒”其实是使用核弹将整个城市毁灭。但是最终病毒并没有完全消灭。
“紧接着上一集吗？电脑显示上一集的具体数据，我需要全面的信息来提供参考。”
电脑在听到希苼的指令后立刻将所有的关于“生化危机一”的资料再次显示出来。
在安布雷拉公司（umbrellacorporation）的老巢——“蜂巢”（hive）的巨大地下遗传研究中心时暗藏着某种可怕的事情，在这里聚集着神秘的生物工程学家。一种致命的病毒爆发了，并快速地传播着。“红色女皇”一台控制和监视着整个“蜂巢”的超级巨型计算机把整个中心都封闭了起来，甚至包括很小的漏洞，“杀死”了所有被困在里边的工作人员。
暂时失忆的艾丽斯在自己的浴室中醒来，先后遇到了matt与雷恩等人组成的特遣队。特遣队逮捕了matt，带着他和alice进入“蜂巢”并关闭红色女皇。然而，队员们很快发现这些工作人员们并不是真正地死去了。他们现在已成为徘徊在“蜂巢”内贪婪的像僵尸一样的活死人。人们一旦被他们咬一口或被他们抓伤就会受到感染，甚至立即变成他们一类的人。
艾丽斯和她的特遣队有3个小时来完成他们的任务，否则这些僵尸们将泛滥成灾，对整个地球构成威胁。其间，爱丽丝的记忆不断闪回，事实的真相也不断揭开。为了接近红色女皇，小队成员必须在这个象蜂巢一样的迷宫里，穿过一连串一个比一个恐怖的障碍。其中包括致命的激光、异型犬爪和一个巨大的样品屋，在这个样品屋里艾丽斯见识到了安布雷拉公司导致这场危机的邪恶研究成果。艾丽斯也很快发现了这些僵尸是该公司的一项最新的研究方案变种t…病毒造成的结果。
t…病毒最初的设计方案是抗衰老、治疗神经方面的疾病，它具有激活死亡细胞的能力。艾丽斯意识到这肯定是一个神秘的破坏者偷走了这个病毒，并把它释放到“蜂巢”的空气中。这就是危机的爆发经过。
事实也确实如此，一名保安盗出t病毒，因为这种病毒在黑市上的价格，足以让他奢侈享受一生一世，于是他借着机会从研究室里盗出了t病毒，并且还故意泄露出了t病毒，企图杀人灭口，但是在他刚离开实验室，整座实验室的防御系统就被启动，于是他和电影女主角双双被吸入毒气而昏迷，醒来后也暂时性的失去了记忆。
面对这个巨型计算机，雷恩假意请红色女皇帮助他们。红色