宗教矛盾是導致兩伊戰爭的另一重要原因。伊朗和伊拉克同是伊斯蘭教國家，兩國的穆斯林多數屬於激進的什葉派。
但兩國什葉派穆斯林在國家政治生活中的地位迥然不同。
1979年初，伊朗什葉派宗教領袖霍梅尼建立了以什葉派高級教士集團為核心的、政教合一的伊斯蘭共和國。而伊拉克復興黨政府在政治生活中卻努力使政教分離，削弱宗教勢力，將宗教活動納入政府控制的軌道。伊拉克的什葉派穆斯林雖然占國內人口的多數，但長期以來，卻處於被統治地位，激進的什葉派對此十分不滿，長期與政府進行對抗。
伊拉克和伊朗兩國都有一個少數民族‐‐庫德族。伊朗支持伊拉克境內200萬庫德人的自治要求，伊拉克也支持伊朗境內的庫德人進行反對伊朗政府的鬥爭。
此外，從1964年到1978年，霍梅尼受伊朗國王迫害一直在伊拉克的納賈夫附近流亡傳教。1978年初，薩達姆以&ldo;煽動伊拉克境內什葉派叛亂&rdo;的罪名將霍梅尼驅逐出境，迫使他輾轉法國。霍梅尼對此一直懷恨在心，並發誓要復仇。
戰前兩伊都進行了戰爭準備。伊拉克的準備更為充分，伊朗的經濟軍事實力和潛力均勝過伊拉克。伊拉克總兵力22萬人，其中陸軍19萬人；海軍4000餘人，各種艦艇43艘；空軍2．8萬人，各種飛機500餘架。此外，還有人民軍10萬人，預備役部隊25萬人。伊朗軍隊經過霍梅尼大規模清洗，總兵力24萬人，其中陸軍15萬人；海軍2萬多人，各種艦艇80餘艘；空軍7萬人。還有新組建的伊朗革命衛隊9萬人，預備役部隊30萬人。戰前雙方都採取了一系列臨戰措施。伊拉克方面，製造&ldo;和平&rdo;空氣，麻痹伊朗；突擊開展外交攻勢，爭取國際社會特別是海灣國家的同情和支持；利用邊境衝突掩護地面部隊的調動。伊朗方面，事先對伊拉克的進攻企圖有所察覺，並採取了一些應急措施：霍梅尼授權總統全權指揮國防部的神職人員，並釋放一批被捕的前國王統治時期的軍官和飛行員；突擊購置武器裝備，不惜一切代價購買零配件和設備；空軍戰鬥機秘密向國內縱深基地轉移，並緊急修好約200架f‐4和f‐14戰鬥機；積極改善外交上的孤立地位。
1980年9月22日拂曉，伊拉克總統薩達姆下達了對伊朗的軍事目標發動&ldo;威懾性打擊&rdo;的命令。接著，伊拉克出動大批作戰飛機，襲擊了伊朗首都德黑蘭、大不里士、阿瓦士、克爾曼沙赫、提斯孚爾等共15個城市和7個空軍基地。
23日凌晨3時，伊拉克的地面部隊5個師又1個旅約5萬餘人，1200餘輛坦克，越過邊境，在北起席林堡、南至阿巴丹的480餘公里的戰線上，分北、中、南三路向伊朗境內大舉推進。經過一周激戰，10月初，伊拉克軍隊占領了伊朗約2萬平方公里的土地，控制了阿拉伯河東岸長600公里，寬20公里的狹長地帶。深入伊朗境內10‐30公里，南部戰線最大入侵縱深達90公里。
面對伊拉克的強大攻勢，伊朗軍隊倉促應戰。其空軍襲擊了伊拉克境內的16個目標。地面部隊調整部署，向邊境機動。在前線集結了7個師又2個旅的兵力，此外還有大批的革命衛隊。伊朗設防的重點在北線，以扼守主要通道，遲滯伊拉克軍隊的進攻。伊朗阻滯了伊拉克的進攻勢頭後，漸漸奪取並把握了戰爭的主動權。1981年9月，伊朗開始大舉反攻。9月底，伊朗集中10餘萬兵力，發動大規模的阿巴丹反擊戰，解除了伊拉克對阿巴丹的包圍。1982年3月下旬，經過周密部署，伊朗又發動了&ldo;勝利行動&rdo;攻勢，全殲伊拉克2個旅，重創2個師，共斃傷伊拉克士