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话音刚落，蔡元培便接着补充道：“经教育部决议并报大总统府批准，从即日起，由孙百熙先生出任中央学会会长、会员评选委员会委员长、参议院选举委员会委员长等职，全权负责中央学会所有事务。孙百熙先生学高身正，品德卓著，素为天下推重。由他来执掌中央学会，铨衡会员、参议员选举事宜，想来结果必能令诸君信服！”
“好欸！”学生们欢呼道。不过欢呼声却较之前小了许多，其间还掺杂着“蔡元培滚出教育部”“欢迎孙先生执掌教育部”之类的不和谐音符。
孙元起明白，能到教育部门口围追堵截、抗议请愿的学生。多半都是没有互选资格或者处于两可之间的，眼看其他处于两可之间或者没有互选资格的同辈通过各种关系获得了许可，所谓“不患寡而患不均”。心理失衡之下他们变得义愤填膺怒不可遏，便企图通过这些抗议行为来发泄自己的不满，进而取得教育部的退步、承认。
现在由海外名校毕业、曾一手创立中国最高学府、对中国高等教育发展了如指掌的孙元起来处理此事，资格认定肯定会从重从严，一切鬼蜮伎俩都将无所遁形，他们的愿望也将落空。所以他们难免觉得有些失落，欢呼声自然也小了不少。
又劝慰了片刻。学生们才陆续散去。孙元起有些玩味地看着蔡元培：“孑民兄，你是故意把我诓来这里的吧？你我兄弟一场，此举未免有失厚道啊！”
蔡元培嘿嘿笑道：“那你当初推举愚兄出任教育总长又算不算厚道？”不待孙元起回答。他又正色说道：“百熙，中央学会诸事看似不难，因为通观全国，符合会员互选条件者也不足十万人。远不及地方一府人口；可要想按期完成参议员却也不容易。面临的首要难题就是互选资格解释的困难，不是学会法令规定得不清楚，而是学生们根本不愿意听。刚才学生们抗议的场景你也看见了，要不是今天你在这里，蔡某肯定难逃一劫。
“接下来是审查毕业证书的困难。清末各省高等学堂所颁毕业文凭，率由各省自己印制填写，上面只有学堂、提学使关防，并无学生照片。涂改仿造极为容易；若是冒名顶替，一时间亦无从查验；如果学历文凭证书因为兵灾水火不慎遗失损毁。或此时不在身边，恐怕也难以补办。此外，还要提防各省政府为争取本地名额，故意串通学堂作假。
“再者是选举造册的困难，从地方收缴验证文凭，到递交教育部审查，再到中央学会登记造册、返还文凭，手续繁杂，工作量大，除非有大批人手一起处理，否则很容易造成各种资料堆积如山，难以措手。而且工作中稍有纰漏就会酿成纠纷，然而期间纰漏必定不少，比如文凭在寄送过程中丢失、登记造册中漏掉一些人等。如果中间再有人故意挑拨生事，只怕难以善终。
“还有杜绝舞弊的困难。各省必须接到选举名册及选票才能进行选举，互选之后必须等到各省选票汇总至中央学会才能确定会员名单，在此过程中到处都是上下其手的机会，让你防不胜防。一方面是困难重重，一方面又时间紧迫，从现在到国会召开不到四个月时间，稍微拖延便会功败垂成。所以还请百熙从大局考虑，尽快着手，早些完成！”
孙元起知道事态严重，对于中央学会的职务任命也就没再多加推辞。他向蔡元培稍稍了解中央学会前期工作进展之后，迅速返回经世大学，与经世大学教育系、中国政策研究院、中国科学技术学会等单位人员就中央学会的定位、架构及选举事宜进行了长达一周的磋商探讨。就在蔡元培和请愿学生快要失去耐心的时候，他向教育部提交了包括《中央学会章程》、《中央学会会员互选细则》、《中央学会参议员选举办法》在内的一系列文件。
在这些文件中，孙元起首先将中央学会定义为虚体的学术机构