最终，明朝决定由中央政府统筹军饷，除此之外，还从国库专拨白银两万两，以作朝鲜流亡政府的日常开资。由于山高路远，辎重由大陆运抵朝鲜半岛费尽周折，以至于中途损耗粮草过多，前线所得甚少。明朝敦促朝鲜政府能够尽全力筹措，以备不时之需。
由于中、朝双方对日本实力均缺乏准确了解，使得万历皇帝无法决定出兵规模。
四 情报不准，导致明军出师不利（1）
日军登陆朝鲜半岛两个月之后，明朝即正式出兵，且不论明朝国内纷乱不已，这在人类社会的农业时代，已经是很惊人的反应速度。最初阶段的入朝部队由辽东方面军组成，6月15日，官兵一千零二十九名、军马一千零九十三匹抵达朝鲜半岛。
明军渡过鸭绿江之后，朝鲜国王希望明军能够立即南下进攻日军，却不希望明朝将领拥有在朝作战部队的总指挥权。
明朝将领与朝鲜大臣之间发生了最初的纠纷。明朝将领认为战报不详，不可贸然出击，坚持要等到后续部队来朝之后才可出兵。由此可见，明朝方面对日本军力的判断是十分慎重的。
随后，明朝方面发来第二批援朝部队，与第一批赴朝部队汇合，共计兵士二千三百四十八人、马匹二千六百二十二匹。指挥官为辽东副总兵祖承训，后勤则由驻防辽东九连城的总兵杨绍勋在中国境内筹备。但这一批部队随军只带了火铳等轻型火器，并没有携带火炮等重型装备。
7月15日，祖承训率三千骑军从安顺连夜抵达平壤城外。至嘉山时，慎重起见，找来当地人询问：“日军主力是否还在平壤城内？”但对方提供的信息很模糊，只是用道听途说来的情况做了汇报。这一阶段，祖承训显然有轻敌心理，他在战前吹风会上举杯仰天曰：“贼尤在，必天使我成大功也！”
16日拂晓，祖承训乘日军不备，派游击将军史儒率领千总马世龙、张国忠两名军官从七星门突入，手斩日军十余名。三千明军骑兵随后攻入城内，与上万日军展开激烈巷战。
由于城内多狭小街巷，明军无法施展骑兵冲锋优势，这种地形反却有利于日军装备火绳枪部队进行伏击，日军“左右发丸齐射”，以致明军陷入险境。
马世龙、张国忠等先锋军官被日军火绳枪击中身亡。
明军战败，只有祖承训等寥寥数人身免。退出平壤之后，祖承训一日之内跨过鸭绿江以东的大定江。
朝鲜流亡政府得知消息，急忙派出兵曹参知沈喜寿前往九连城面见辽东总兵，希望杨绍勋能下命令让祖承训留驻在朝鲜境内，但祖承训尚未得到命令就已退过鸭绿江回到辽东。
祖承训虽然兵败，却得到了第一手日军情报，在其上呈给辽东总兵杨绍勋的报告里面，对数个重要问题进行了详细总结和分析：
一、部队后勤不足问题严重影响军队进度，应该予以足够重视；
二、朝鲜对军事情报的掌握有重大失误，战前认为平壤城里只有日本守军千人，但经过实际交战后，估计日军兵力有万人之上；
三、日军轻火器装备率很高，明朝需要派出重火器部队予以压制；
四、平壤城里日军方面有朝鲜人加入，朝鲜方面需要予以解释；
五、中、朝部队不能做到协同作战，反而彼此相累，同赴平壤进行攻城作战的也有朝鲜军队数百人，但临战之时，已逃逸大半，其怯战、畏日心理可见一斑，做到战时令行禁止，首先就需要解决在朝作战部队的指挥权问题。
对于情报提供以及日军中有朝鲜人这两个情况，朝鲜政府立即出面申辩。说明情报是由朝鲜地方人员提供，而朝鲜人助日截击明朝军队，有可能是朝鲜兵器落入日军，或因朝鲜军士被俘受其胁迫所致。
初战失利，北京