这一系列事件意味着日本在对唐关系上可能开始有疏远的迹象。
而高宗皇帝很显然已经掌握了日本的最新动向，才下诏对这批新近使团采取软禁措施，以免战时出现情报疏漏。
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七 日本在忙什么（1）
作为一个没有完全被平定的强大地方割据政权，高句丽似乎应该在百济战事期间有所动作，以牵制唐朝中央政府，但它在战时并没有对百济进行有效的协助。
大唐帝国在征讨百济的前一年，即公元659年（唐显庆四年）年底，已经对高句丽进行了一轮军事打击，大唐铁勒籍将领契苾何力率薛仁贵等名将在横山（今辽阳附近）击败高句丽。虽然规模不大，但是唐军攻势凌厉。
结合大唐高宗对来到洛阳的日本使者所做出的“来年必有海东之政”“汝等倭客，不得东归”的决定，可知征讨百济拯救新罗对于唐朝来说是一次筹备已久的军事计划，而东征高句丽则是一次军事警告。事实证明，高句丽在西面受到了强有力的军事压制，陷入军事被动，自顾不暇，已经没有余力对百济进行军事援助。
史料记载，大唐出兵百济之际，日本大和朝廷接见了高句丽一支多达百名成员的使团，并与之进行了紧急磋商。这支使团直到百济战争接近尾声才离开日本。
由此可见，日本的最终出兵，与高句丽的居中斡旋、怂恿也不无关系。
当时的日本大和朝廷没有立即派兵，最重要的原因就在于日本大和朝廷正在本国东北方向与虾夷人作战，而它派往唐朝的使者已被高宗皇帝果断扣留。大唐朝廷已经清醒认识到，使团作为一种合法的情报搜集机构，很可能会对唐军推动百济战事产生不利影响。另一方面，高句丽与日本之间隔有新罗、百济，日本没有任何借口以陆上途径出兵协助高句丽。
但日本的出兵意志也已露出端倪，甚至已经开始秘密赶造运兵船只。
平定百济的捷报很快传至洛阳城，大唐高宗及帝国上下对苏定方的战绩感到由衷欣慰。
百济战事的顺利结束对于整个帝国意义重大：
第一，大唐在隐忍多年之后在帝国东北方重塑国威，为属国新罗洗雪国耻；
第二，清除新罗反抗力量，也就意味着割据政权高句丽失去了一只有力的臂膀，这将为接下来平定高句丽的战事提供良好的外部环境，也就意味着隋及唐初未能完成的宏愿将在高宗时代得以实现，辽东作为中华帝国神圣不可分割之地将再一次回归到中央政府怀抱。
8月，高宗皇帝下诏，“赐天下大酺三日”，以示庆贺，并于中秋之日命人撰写《大唐平百济国碑铭》。
中秋，对于中国人来说意义非常，对于唐朝人来说更是良辰吉日。大唐高祖年间，李靖将军征讨匈奴得胜，即于中秋节凯旋长安城。
为解决百济战后事宜，高宗皇帝再下诏，将百济原五部三十七郡改设为熊津（今韩国忠清南道公州）、马韩（今韩国全罗北道益山）、东明（今韩国忠清南道扶余郡）、德安（今韩国忠清南道论山市恩津面）、金涟（不详）五个都督府。
熊津都督府下辖熊津、东明、带方等八州，治所在熊津州。后来又将五个都督府全部合并为熊津都督府。从此，百济作为一个国家已经在法理和事实上彻底成为历史的烟尘，其领土终于划入大唐版图。
与此同时，王文度被任命为熊津都督，全权负责原百济地方的军政事务，抚纳百济残党，并招募平定高句丽的奇才良策。
9月，苏定方将军从朝鲜半岛经由海路而后陆路回到东都洛阳。
原百济王扶余义慈、王妃恩古、太子扶余隆、王子扶余泰在内的十三名王族成员，七百余名原百济高官、将领，以及大约一万两千余