进攻下，王穆内部发生内讧，王穆发兵攻打其部将索嘏驻防的敦煌（今甘肃敦煌西）。吕光闻讯大喜，对诸将说：“二虏相攻，此成擒也。”便准备出兵，但众将却都认为不行。吕光说：“取乱侮亡，武之善经，不可以累征之劳而失永逸之举”（《晋书·吕光载记》）。遂抓住战机，力排众议，自率2万步骑攻克酒泉，迅即又率部进屯凉兴（今甘肃安西东）。王穆不敢抵抗。引兵东还，途中部众溃散，王穆落荒而逃，最后为骅马（今甘肃玉门东北骟马镇）县令郭文所杀。
时吕光平定凉州，杜进功劳最大，吕光便以其为辅国将军、武威太守。杜进权高一时，仅次于吕光。388年（太元十三年）三月，吕光外甥石聪自关中而来，吕光问：“中州人言吾政化何如？”石聪说：“止知有杜进耳，实不闻有舅”（《晋书·吕光载记》）。吕光听后默然，因此将杜进诛杀。
吕光又宴请群僚，酒酣，谈到政事。当时吕光刑法严厉，参军段业进言说：“严刑重宪，非明王之义也。”吕光说：“商鞅之法至峻，而兼诸侯；吴起之术无亲，而荆蛮以霸，何也？”段业说：“明公受天眷命，方君临四海，景行尧、舜，犹惧有弊，奈何欲以商、申之末法临道义之神州，岂此州士女所望于明公哉”（《晋书·吕光载记》）！吕光改容而谢之，并下令自责，减轻刑法，行宽简之政。
3*年（太元十四年）
二月，吕光自称三河王，大赦，改元麟嘉，置百官。吕光妻石氏、子吕绍、弟吕德世自仇池至姑臧，吕光立石氏为妃，吕绍为世子。
时鲜卑贵族西秦主乞伏干归据金城自称大将军、大单于、金城王，得到前秦继承者苻登的支持，秦（今甘肃天水）、凉（今甘肃武威）一带的鲜卑、胡、羌诸族多归服之。盘踞枹罕的南羌首领彭奚念，也投附其麾下，金城（今甘肃兰州西北）王遂成为控制陇西地区的一支强大势力。吕光在苻坚被杀后，控制了河西地区，据姑臧（今甘肃武威），隔湟水（今甘肃兰州以西黄河支流）与金城王对峙，屡欲渡过湟水东进，因受乞伏干归阻扼，不能得逞。
392年（太元十七年）
八月，乞伏干归唆使彭奚念出兵袭取吕光所辖湟水北岸战略重镇白土津（今青海化隆西南）。吕光遣其南中郎将吕方及弟右将军吕宝、振威将军杨范、强弩将军窦苟等东下攻金城，遭乞伏干归反击大败，吕宝及将士万余人丧命，后续诸部见势皆撤兵。继又派其子吕纂率步骑兵5000南下攻彭奚念，激战于盘夷（约在今青海乐都以西之安夷城），又大败而归。
吕光遂亲率大军进攻彭奚念于枹罕（今甘肃临夏东北），屯重兵于左南（今青海西宁东），彭奚念于白土津垒石筑堤，以水自固大营，而遣轻骑万人扼守河津渡口。吕光派将军王宝隐蔽移师上游，乘夜强渡湟水东进。彭奚念闻讯惶惧，军中大乱，吕光乘势攻白土津，捣其石堤，渡过湟水，直取枹罕。彭奚念军溃散，单骑突围逃奔甘松（今甘肃南部腊子口）。此战，吕光吸取失败教训，改变进攻方向，避免从正面决战，出奇渡河，攻敌不备，取得大胜。
394年（太元十九年）
七月，吕光以子吕覆为都督玉门以西诸军事、西域大都护，镇高昌，命大臣子弟随之。
395年（太元二十年）
七月，吕光率10在军伐西秦，西秦主乞伏干归称籓于后凉，并以子乞伏敕*为人质。吕光引兵而还。
396年（太元二十一年）
六月，吕光即天王位，国号大凉，大赦，改元龙飞。备置百官，以世子吕绍为太子，封子弟为公侯者二十人，以中书令王详为尚书左仆射，著作郎段业等五人为尚书。同年，西秦乞伏轲弹因与秦州牧乞伏益州不合，投奔后凉主吕光。
397年（