两国自1960年建交后，双边关系稳健发展；尤其是在20世纪70年代，中国为索马里援建了一批重大项目：摩加迪沙体育场、贝纳迪尔妇女儿童医院、国家大剧院、香烟火柴厂等。据一些曾经在索马里工作过的中国外交官说：索马里人“最喜欢中国人，但这只是‘相对而言’；劫匪并不会格外开恩，有绑架照绑”。
新华社首尔2006年4月5日电：韩国外交通商部宣布，当天，该国一艘渔船在索马里附近海域被劫持，包括3名中国船员在内的25名船员被扣留。当日凌晨3时40分左右，韩国“东源628”号渔船正在索马里附近公海上捕鱼。此时，8名不明身份的武装人员分乘两艘汽艇向渔船开枪扫射，并将渔船劫持。正在附近海域的另外两艘韩国渔船获悉“东源628”号被劫持后，向邻近的一艘荷兰军舰求援。约50分钟后，这艘荷兰军舰联络美国军舰共同追寻“东源628”号下落，但未能发现其踪影。
“东源628”号属于韩国南部港口城市釜山的东源水产公司，船上除3名中国船员外，还有8名韩国船员、9名印度尼西亚船员和5名越南船员。韩国外交通商部已就此事马上向中国驻韩国大使馆进行了通报。当天5时30分，“东源628”号船长崔成植在给釜山的家人打电话时说，所有船员都处于安全状态。韩国海洋水产部官员说，根据卫星定位系统的跟踪结果，“东源628”号被劫持后，一直停泊在索马里一个港口附近的海域。韩国外交通商部成立了以第一次官柳明桓为部长的紧急对策本部，紧急处理这一事件。
中新网2007年5月17日电：据韩国媒体消息，韩国外交通商部一位官员当天表示，载有4名韩国船员的2艘远洋渔船，在索马里公海上遭到劫持。该官员称，当地时间15日中午12时40分，离开肯尼亚前往也门的2艘韩国渔船，在距离索马里海岸250多公里的海上，被推定为索马里海盗的武装分子劫持。这2艘渔船上共有30名船员，其中包括10名中国人。渔船是坦桑尼亚船籍，船长及船主是韩国人。韩国外交部当天召开了第一次对策会议，并将召开由有关部门负责人组成的恐怖对策工作会议，讨论营救对策。该官员说，政府将致索马里外交部长书函，请求索政府为使他们早日获释予以协助。
上文还提到，2006年4月18日，在索马里沿海作业的中国台湾“庆丰华168”号渔船遭到海盗劫持，辽宁船员陈涛遇害。不到1个月后，哈拉代雷港内又来了2艘被劫持的韩国渔船。这两艘船于2006年11月4日被海盗释放，船上共有24人，包括10名中国人、4名韩国人、4名印度尼西亚人、3名越南人和3名印度人。2007年5月15日，2艘坦桑尼亚籍渔船遭到劫持，船上共有24名船员，其中中国籍船员10名。次日，一艘台湾渔船又被劫持，船上有8名大陆船员、4名台湾船员。
据中国外交部发布的数据，从2008年1月至11月，中国有1265艘商船通过亚丁湾、索马里海域，其中20％的中国船只遭遇过海盗袭击。
2008年9月15日，一艘在中国香港注册的运输船在索马里附近海域被劫，船上共有22人。
2008年9月18日，索马里海盗劫持了一艘中国香港籍化学品运输船，船上有24名中国船员和1名斯里兰卡籍船长。船舶和船员在同年11月29日上午已经获释。中国驻肯尼亚大使馆参赞韦宏添已经向记者证实，索马里当地时间上午9时（北京时间14时），这艘属于中国对外贸易总公司的货轮已经离开索马里海岸，驶往阿联酋首都阿布扎比。他说，船上的船员都很健康、安全。
随后几天，一艘希腊货船在索马里附近海域被海盗劫持。船上19人中，有1名中国船员。
2008年11月13日