打到后来，林凤成了西班牙人最头疼的对手。林凤当时盘踞的台湾，就是对抗西班牙入侵菲律宾的大后方。西班牙人占优势的时候，林凤就跑回台湾，整顿了兵马后再打回来，双方来来往往打了数年。
林凤，明朝海盗与海上商旅，盘踞在南澳群岛（现中国广东汕头地级市南澳县），与族人林国显、林逢阳等劫掠沿海地区，人称阿凤、林阿凤。万历年间与明朝官军戚继光、胡守仁部多次交战，转以澎湖列岛和台湾嘉义、云林海口地区为根据地。其麾下的船队都会挂上红底黑龙的“血海龙旗”，而林凤被沿海的海商们尊称为“龙王”，他是大航海时代大明海商在南洋保护神。
大约自万历元年（1573年）起林凤势力逐渐坐大，后来并打倒林道乾，并吞其部众与船只。其后的几年时间里，林凤是大明海商海盗集团抗击西方殖民者的主力，他在海上船队飘扬的红底黑龙旗，成为西方殖民者的噩梦。
一直抢劫惯了的西方殖民者遇上了他们惹不起的对手，几番争斗损失惨重。最后有汉奸提议，倭乱刚平，朝中对海商势力有戒心，可以利用大明朝廷的力量来剿灭林凤的势力。于是，西班牙和葡萄牙殖民者凑足了一大笔的黄金白银，贿赂了朝中一些有影响力的官员，双方商定合作剿灭林凤的海商，或者说是海盗集团。
明万历二年，林凤被明朝总兵胡守仁追击，逃至澎湖，然后又到台湾的魍港（八掌溪口）。在官军追击下，林凤扬帆南奔，改往菲律宾，林凤率领部队攻陷西班牙统治下的菲律宾吕宋岛，经过与西班牙人作战，攻占马尼拉。后为明朝福建巡抚刘尧诲、广东提督殷正茂与西班牙联军所败，失败后再逃到魍港，被胡守仁击溃于淡水海上。后不知所终。1575年被杀。
林凤，这个带有谜一般色彩的中国海商，他有确切文字记录的历史，至此已彻底告终。此后的他，则成了一个神话一般的传说。今天的东南亚以及印度支那国家，乃至印度，都留下了有关他的种种说法。然而传说虽然美丽，结局却还是扼腕：这场持续十年的菲律宾争夺战，最终还是以中国海商的失败落幕。
林凤与西班牙人的争斗，看似是他一个人的战争，其实却于中国历史和东南亚历史关系颇大，此战失败后，欧洲人在东南亚地区的势力，如血液一般扩展着，原本在这一地区啸傲一时的华人海商，其地位日益被边缘化。同样受到深重影响的，却是林凤的大本营台湾。林凤对抗西方殖民者的远征，几乎带走了台湾所有的家底，原本已经过早开发的台湾岛，此时又是一片空白。曾经在当地名噪一时的各路海商势力，已是或散或逃。曾是各路海商据点的台湾岛，又成了“真空地带”。
而对于西班牙人来说，这场艰难的争夺战，也让他们更清楚的认识了中国人。整个过程里，中国海商机智的战略战术，坚忍不拔的战斗意志，无不给了他们震撼：这是一个极难战胜的民族。
多次被大明正规军队还有海盗海商集团胖揍的西班牙人，也学乖了：那就找你看不见的地方。在虎跳门之战后的几十年里，西班牙人不断的派人在中国沿海活动，意图找到一块明王朝“看不见”的地方。他们最后找到的，就是台湾。
西班牙人知道台湾，是很早以前的事情，早期西班牙驻菲律宾几任总督的奏报中，都曾经提到过这个被葡萄牙人称为“福摩萨”的地方，林凤等人和西班牙的争锋，也同样是以台湾岛为大后方的。（ ；广告）但是对于早先志在