教驻锦州，负责筑城、守城。当后金兵将至时，左辅等人，撤入锦州，凭城固守。皇太极得报后，传令攻城。后金兵攻城数日，伤亡惨重，别无所获。
十六日，明辽东巡抚袁崇焕派人送给纪用、赵率教的书信被后金兵截获，内称“调集水师援兵六七万，将至山海关，蓟州、宣府兵亦至前屯，沙河、中后所兵俱至宁远。各处蒙古兵，已至台楼山”云云。皇太极信以为真，即收缩围锦兵力，聚集于城西，以防明援师。
至二十六日，后金军已围城15日不克，人马疲惫士气低落。
二十七日，后金军分兵为两部：一部继续留驻锦州，在锦州城外凿三道濠，加以包围；另一部由皇太极率领官兵数万，往攻宁远。
辽东巡抚袁崇焕提出：“坚壁固垒，避锐击惰，相机堵剿。”总督蓟辽、兵部尚书阎鸣泰题奏：“今天下以榆关为安危，榆关以宁远为安危，宁远又依抚臣为安危，抚臣必不可离宁远一步。而解围之役，宜专责成大帅。”此奏，得旨：“宁抚还在镇，居中调度，以为后劲。”朝廷为确保宁远，不允许袁崇焕亲自率领援兵，前往救援；而令满桂、尤世禄、祖大寿等率军一万，驰援锦州。
二十八日，辽军与后金军在宁远城，展开激烈的攻守战。袁崇焕列重兵，阵城外，背依城墙，迎击强敌。皇太极欲驰进掩击，贝勒阿济格也欲进战；大贝勒代善、二大贝勒阿敏、三大贝勒莽古尔泰“皆以距城近不可攻，劝上勿进，甚力”。天聪汗皇太极对于三位大贝勒的谏止，怒道：
“昔皇考太祖攻宁远，不克；今我攻锦州，又未克。似此野战之兵，尚不能胜，其何以张我国威耶！”
明辽军与后金军两支骑兵，在宁远城外展开激战，矢镞纷飞，马颈相交。明总兵满桂身中数箭，坐骑被创，尤世威的坐骑也被射伤；后金贝勒济尔哈朗、萨哈廉及瓦克达俱受伤。两军士卒，各有死伤。
明军骑兵战于城下，炮兵则战于城上。袁崇焕亲临城堞指挥，“凭堞大呼”，激励将士，齐力攻打。参将彭簪古以红夷大炮击碎八旗军营大帐房一座，其他大炮则将“东山坡上奴贼大营打开”，后金军伤亡重大。明太监监军刘应坤奏报称：“打死贼夷，约有数千，尸横满地”。后金贝勒济尔哈朗、大贝勒代善第三子萨哈廉和第四子瓦克达俱受重伤，游击觉罗拜山、备御巴希等被射死。蒙古正白旗牛录额真博博图等也战死。后金军死伤甚多，尸填濠堑。
二十九日，后金天聪汗皇太极率军撤离宁远，退向锦州。
辽东巡抚袁崇焕欣喜地奏道：
“十年来，尽天下之兵，未尝敢与奴战，合马交锋。今始一刀一枪拚命，不知有夷之凶狠骠悍。职复凭堞大呼，分路进追，诸军忿恨此贼，一战挫之，满镇之力居多。”
皇太极攻宁远不克，又转攻锦州。
先是二十八日，当后金兵在宁远城下激战之时，锦州的明兵趁后金军主力西进、势单力弱之机，突然大开城门，蜂拥冲杀出来，攻向后金大营，予敌一定杀伤。稍获初胜之后，迅即撤退回城。后锦州战报送到皇太极手里，他感到宁、锦前后、腹背受敌，不得不迅速从宁远撤军。
六月初三日，皇太极向锦州城发起进攻。
初四日，皇太极攻城不下，遂命撤军回营。明总兵赵率教疏报：此役后金兵伤亡“不下二三千”。明镇守太监纪用奏报：“初四日，奴贼数万，蜂拥以战。我兵用火炮、火罐与矢石，打死奴贼数千，中伤数千，败回贼营，大放悲声。”
初五日，凌晨，天聪汗皇太极从锦州撤军。
初六日，辽东巡抚袁崇焕上《锦州报捷疏》言：
“……孰知皇上中兴之伟烈，师出以律，厂臣帷幄嘉谟，诸臣人人敢死。大小数十战，解围而去。诚数十年未有之武