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设立好七个营后，仇天行又新设了两个军，第一军和第二军。其中第一军驻地浙江，麾下有三营和九营，第一军军长由三营营长张承武兼任。第一军主要面临的敌人是来自浙南的朱以海和金砺以及福建的耿继茂和朱成功等部。
第二军驻地金陵以西的六安府、庐州府、安庆府、池州府、徽州府和宁国府一带。第二军麾下有五营、七营和八营，军长由五营营长张连生兼任。第二军面临的敌人主要是江西的吴三桂部和湖北的新顺势力。
第一军和第二军都没有设立军级的训导官，而且军长职务也是暂时设立而已，并没有设定军级的级别。如今保安团除了仇天行外，最大的级别就是部长级别，部级以上就没有了。所以无论是张承武还是张连生本职都是营长，其军长只是方便管理军队而已。
而近卫营和十营并没有合并成一个军。近卫营留一个纵队守卫金陵，其余兵力分布在太平府、和州、滁州、镇江府、常州府、苏州府和松江府、太仓州等地。十营不仅仅驻扎在扬州，还要分兵守卫通州和海门厅。
为了保卫长江入海口的安全，避免敌人从海路进入长江直接进犯金陵，近卫营和十营在海门厅和太仓州布有重兵。并且，因为保安团没有海军，所以便在近卫营和十营麾下新设了若干纵队大队的水师编制。
这一番布局下来，保安团总部的重兵便云集在西线、南线和东线，显得中间空虚的态势。
兵力分散不集中也是兵家大忌，最好的办法就是集中所有力量一路冲击，这样便可以一路横扫南方豪雄。但是仇天行也是有苦难言，先不提百万大军千里远征的钱粮军资怎么解决，就是打下了那些地盘又如何完整的纳入治下？防御还乡团的留守兵力够不够？干部数量够不够？前提投入的钱粮够不够？自己拉长战线敌人收缩兵力又怎么防御那回缩后的重击？北方的鞑子还管不管了？一营、二营和四营还支持不支持了？若是钱粮军资全部集中向南，北方三个营挡不住了，鞑子南下该怎办？
这一切都是仇天行头疼的事情，所以他也不敢尽起大军倾力向南，只得老老实实的先消化地盘，然后……然后再说。保安团打江山与其余势力不同，人家大旗所向，士绅争相投降，县下就靠投靠的士绅地主们的自治了。论人力成本，挺节省的，论钱粮收获，嗯，挺浪费的。不过那打江山的速度就快了，运气好点的几年就能坐天下了。不过保安团打江山是在一块块的耕地，然后将地里的杂草一一拔出，这样的速度就慢得多了。好在仇天行很有耐性，他还年轻，他不急。相比于疾风骤雨似的一统天下，仇天行更喜欢像菌落一样向外慢慢蚕食地盘。
只是仇天行想待在家里安安稳稳的消化胜利果实，可是南方豪雄们却不给他机会。
根据军情处的湖南科、福建科、广西科和贵州科报来的情报，似乎他们的结盟速度在加快了。
于是，趁着敌人还没有攻击的时候，仇天行命令军队尽快适应新的编制，以便更快的恢复战斗力。并且在新编制安排下去不足半月时间，爵位制度正式推出来了。
如今军中许多人都立过功劳，大大小小的二等功三等功也获了不少。这些东西虽然在升职提干推荐进军校时有用，但是怎么着也没有爵位来的体面。因为队伍整编的事情稍微折损的士气也因此恢复了一些。毕竟四个营整编成七个营，这升官的多，不升官的更多。而且这次整编几乎是将部队全部打散，从中队开始就全部打乱了，再加上许多部队都调离了原本驻扎数年的军营，这也比较损伤士气。不过，当爵位制度真正颁布后，一些军官获得了爵位变得士气高昂起来，而尚未获得爵位却距离不大的军官们也开始掰着手指算着功勋值积分，算算自己还差几次功劳就可以得到爵位了。至于小兵们则看着自己的上级们纷纷受爵了