APTX4869，身体缩小逃了出来，因为体力不支，而在雨中昏迷在工藤新一的家门口，被阿笠博士发现带回了家中，化名灰原哀出现在柯南的班里。工藤新一以小孩子的身体为掩护，暗中调查组织，灰原哀则一心开发解药，期间用试验品帮助工藤新一恢复过几次身体，但因为担心抗药性而限制工藤新一使用。对组织的调查进展缓慢，直到半年前，也就是你出现在组织的一个星期之前，GIN和Vodka在乘金沙丸号前往科里亚王国的途中，葬身大海。组织为了弥补这一空缺，决心培养一位天赋异禀的孩子继承GIN的位置。”老师看了一眼若有所思的Brandy，继续说。“组织决定从一百个孩子里挑选出一个出来，便头脑发热，制造了一起轰动这个岛国的特大型绑架案：有一百个孩子在一天之内失踪，线索只有一个监控录像拍摄的画面，事件至今悬而未决。负责那次绑架行动的是贝尔摩得、Whisky和Rum。在那次绑架案中，江户川柯南也不幸被卷入，和其他的孩子一起被带到了伊豆海域的一个无人孤岛上，他们被断绝了食物和淡水，不得不在岛上互相残杀，生食内脏和鲜血，以维持生命。不过，江户川柯南在贝尔摩得的有意照顾之下，最终活了下来，成为了组织的培养对象，GIN的接班人。他在组织里的代号，便是，”老师看着Brandy的眼睛，一双目光飘忽、泪花闪烁的冰蓝色的眼睛——“Brandy。”
Brandy的脑子如同炸开了锅一般，“啊——好痛！”他紧紧的抱着头，双手用力地揪着头发。“我，我竟然，竟然是，高中生侦探工藤新一！”他不敢相信老师的话，这不是真的！这不是事实！“工藤新一，被称作日本警察的救世主，如今却成了组织里的冷血杀手Brandy，社会上臭名昭著、令人闻风丧胆的樱花使者，不，不可能！不！老师，你……你是不是胡说的！你告诉我啊！”柯南吃惊的结结巴巴，自己的真实身份，怎么会……
“你知道自己失忆的原因吗？”
“不，我不记得，不记得……”Brandy思维混乱了，完全找不出丝毫理智。
“半年前，组织为了将你培养成一个嗜血的杀手，一条为那位先生效力的走狗，开启了为你量身打造的杀人47计划。47是GIN生前杀死的所有人的数目，想要代替GIN，甚至超过他，那位先生认为，你也要杀同样多的人才可以。但是，以工藤新一那正义善良的本性，不可能完成这个任务，结果只有被组织处死。所以，我只好给了你一颗可以暂时封存记忆的药，那是组织的新的研究成果，但因为是在试验阶段，所以药的副作用很大，有一定的风险性。”
“我，我不是因为头部受创才会失忆的吗？导师他，是在骗我吗？”在老师的讲述中，Brandy渐渐恢复了理智，也想起了那个黑影的话。
“我就是给你药的人。”
“你，”Brandy心里一惊，“难道，你就是导师！”
“你终于猜到是我了，这可不像一个大侦探的样子。”
“为什么，为什么要让我失去记忆！为什么骗我，让我杀了那么多的人？现在你又为什么告诉我？老师，你回答我啊！”
“因为你不能在组织被消灭之前就被处死，消灭组织是压在你身上的责任，除了你这颗SilverBullet，没有人能将它葬送。而且，还有一个深爱着你的人在等你，我答应了他，要将一个完整的你送给他。”
“那人，是谁？”Brandy的记忆仅仅是老师告诉他的这些。
“做完这次任务，我会把解药给你。”
“为什么会这个时候给我？”
“组织的灭亡，已经不远了，你也该苏醒过来了。”
“灭亡？”
“潘多拉已