陆战队的同时，对美国驻华公使馆以及燕京大学、育英、慕贞等大中小学校，也全部进行了封锁。北平协和医学院，自然也在劫难逃。
接管协和医学院的日方负责人，是日军大尉军官松桥。
松桥曾留学德国洪德堡大学，获医学博士，他的老师，便是魏敦瑞的学生。此前，松桥曾多次作为日本学者，来过北京协和医学院参观过“北京人”。由于他是学医出身，又对考古和人类学有所研究，所以日本方面特地派遣他来接管协和医学院，同时负责搞到“北京人”化石。
松桥带领的日本占领军在协和医学院的行动，比在美国海军陆战队兵营干脆、利索得多，还不到半个小时，他们便占领了协和医学院的每个要点，并将住在协和医学院内的美国人全部捕获，院长胡顿、总务长博文以及一名美国大夫和正在协和医学院养病的美国著名人士司徒雷登，也统统被拘押在了胡顿的住宅里。
然而，松桥这个穿着马靴、挂着战刀的“日本侵略者”，与别的日本侵略者似乎有所不同，他首先张贴布告一份：凡是协和医学院的教职员工，一律坚守岗位，不得擅离职守！接着又下了一道命令：一定要把图书馆和资料标本保存好！他说，协和医学院图书馆是亚洲第一流的医学图书馆，里面有很多极其珍贵的、绝版的图书，这些书不像设备、仪器什么的，丢了还可以再买，而是一旦丢失，就无法弥补。所以他明确规定：所有图书只能还，不许借。同时，他还下令将所有资料和标本全部封存起来，不许乱动，不许丢失。每天还到各个办公室进行检查，一旦有违规现象，立马处置。据说，有一天，协和医学院的一个中国人在办公室闲着无聊，正拿着一枚印章在一本英文词典上瞎盖，恰好被进来的松桥看见了，松桥当场便将这本英文词典没收了，说这是图书馆的书，不许随便损坏……正因为此，日军占领协和医学院后，不仅协和医学院的图书馆未遭毁坏，其他不少珍贵的资料和标本，也有幸得以保存。
当然，也正因为此，松桥后来被日本宪兵队抓了起来，和美国人关在了一起。其罪状有两条：一是接管协和医学院后对“北京人”追查不得力；二是对协和医学院的中国人太仁慈。据被关的美国人说，松桥被日本宪兵队整得够呛，受的苦比他们多得多。他被关了两年，才从宪兵队放了出来，但日方却不再管他了。他没地方住，没地方吃，最后还是美国人博文将他收留在协和医学院靠北边的一间房子里暂居下来。战后，松桥回到了日本，据说日子过得十分凄凉，但他心里却特别的踏实。他常常对友人说，在中国的那段日子里，我无愧于自己，无愧于历史，也无愧于伟大的中国人民！
与松桥同时进驻协和医学院的，还有东京帝国大学（即现在的东京大学）的教授长谷部言人以及东京帝国大学地质系助教高井冬二。长谷部言人过去对“北京人”就垂涎三尺，但始终未能如愿，故日本文部省对他在中国的表现极为不满，认为他是日本帝国派往远东最无能的一个人。但，就在他为“北京人”绞尽脑汁而又一筹莫展时，他得到了日军将要封锁协和医学院的消息，这对正处窘境中的他来说，无疑于雪中送炭。因此，一到协和医学院，长谷部言人便带着两名手持大枪的日本宪兵，直奔掌握着存放“北京人”的地下室保险柜密码的息式白小姐的房前。
息式白小姐曾是魏敦瑞先生忠实的秘书，魏氏去美国后，她一个人留在了协和医学院，继续从事有关“北京人”化石的保管工作。这个夜晚的她在黑暗中尚未完全弄清眼前到底发生了什么事情，便被日本宪兵从床上“请”了出来，而后挟持着来到了娄公楼地下室藏有保险柜的门前。
“打开！”一个日本宪兵以命令的口气说道。
“我……”息式白摊摊手，耸耸肩，做出一副无能为力的样子。