，命令他继续留在埃及。拿破仑又安排了一场明知自己不能赴约的约会，他邀请克莱贝尔将军到罗塞塔来，同他会商极为重要的事情；他留给克莱贝尔一封信，任命他接替自己，为埃及远征军总司令，负责指挥这支面临土耳其军再次进攻的军队。
在信中拿破仑说由于法国的形势危急，他不得不抱着深深的遗憾离开埃及，他有责任回去挽救祖国的命运。他还留下命令，让朱诺和德塞于秋季回国。拿破仑向克莱贝尔保证一旦回到法国，他会给埃及军补充必要的武器弹药和军需以及“能弥补最近几次战役损失的足够的生力军”。但是，如果埃及的形势继续恶化，拿破仑指示克莱贝尔：
你有权在允许你们撤离埃及的原则基础上与奥斯曼帝国签订和平条约……因为我乐于以后世的好评作为我一生中艰难困苦的报偿，我是抱着深深的遗憾离开埃及的。国家的利益、国家的荣誉、天职的责任感和国内发生的非常事态使我决定冲破敌人的舰队的重围， 回到欧洲。我的心永远和你们在一起……我委托给你的军队是由我的孩子们组成的……他们给了我他们的爱。
拿破仑相信这封信到克莱贝尔手上时，自己已经到海上了。正如布列纳说的那样，拿破仑没有勇气面对面地将信交给他的继承人克莱贝尔：“他想以此方式逃避克莱贝尔的责备和他倔强憨直的脾气。”拿破仑给克莱贝尔留下了一个烂摊子， 让克莱贝尔收拾由于自己的失算造成的埃及残局。克莱贝尔与拿破仑早先发生冲突之后，一直对拿破仑心怀不满；他在收到这封信后说了些什么，无从考证。
就在23日起锚之前，拿破仑给迪盖送去一封热情的信，信中说“一项紧急任务”要求他立即回法国去，并允许他回法国去担任立法院的职务。在其后的一封信中他告诉督政府：“我离开埃及前已经将一切都安排妥当……尼罗河比过去50年的任何时候都更加美丽。”可是，事实上，他留下的是焚烧的村庄、空虚的财政、一支受到战争、气候和瘟疫重创的士气十分低落的军队，随时可能遭到充满复仇和敌意的穆斯林的打击。在军中拿破仑的名字遭到众人的诅咒，除了德塞和已故的卡弗雷里之外，几乎所有的高级军官都提出过辞职和返回法国的要求。一支3万多人的军队，现在只剩下了不到12；000人。接替指挥的克莱贝尔在次年的6月，在他的花园里被身藏利刃的阿拉伯人刺杀身亡；而德塞后来的确回到了拿破仑的身边，在马仑戈战役中帮助拿破仑转败为胜，自己则饮弹身亡。接替克莱贝尔的梅努皈依了###教，改名为阿布杜拉，娶了一位年幼的阿拉伯少女为妻，他以叛国罪逮捕了忠实的雷尼尔将军并于1800年投降英国。埃及的大灾难就此告一段落。或者借用布列纳的说法：“损失惨重的远征就此告终。”
第十一章 通往大马士革之路（6）
对于拿破仑来说，远征埃及是他生活和事业的转折点。他对自己曾经热情爱恋的约瑟芬的信任动摇了，特别是后来证实她没有能力生儿育女后，他们的婚姻就此破裂了。对于法国军队，这场远征也是个十字关口。大多数军官后来都被英国人遣返回国，但他们中的绝大多数都不会忘记并宽恕拿破仑在关键时刻抛弃和背叛他们的行径。后来他们中的大多数都晋升高位，有的甚至当上了法国元帅，但他们都知道拿破仑·波拿巴是个言而无信的人——他在关键时刻是会为了保存自己而舍弃别人的人。拿破仑也第一次意识到自己的能力和观念都是有限的。当法国在欧洲处于孤立无援的境地时，远征埃及显得毫无战略意义。再者，这场战役的轻率构思和草率的执行使2/3曾经对他寄予厚望的法兰西共和国远征军命归黄泉，给他们的家庭带来了无法弥补的伤害。
然而，具有讽刺意味的是，这场惨遭失败的远征可能是拿破仑一生中最伟大的事件之一。当他经过