制度也并非完美无缺，其缺陷也是显而易见，西晋司马衷是晋武帝司马炎的次子，为人痴呆，却因为是嫡子，在哥哥死后，被立为皇太子，但其在做皇帝期间，接二连三地闹出笑话。
有一次官员告知他说民间有饥荒，没有粮食可吃，他却说道：老百姓为什么不去喝肉粥呢！，真是可笑至极。
虽然荒唐，但却仍然不失为一种息争和带来较少伤害的办法，然而世事无绝对，在实际运作过程中，由于种种原因，或因皇帝本人的爱憎及各种利益团体的从中作梗，得王位者，并非全是嫡出。？？？？？？？？？？？？？？？
？？太子朱标，为人忠厚，心存仁慈，虽非嫡出，却是长子，朱元璋原配马皇后无子，无嫡立长，合乎祖制，可惜死得太早，这下可难为了朱元璋，在众多儿子之中，以四子朱棣最是精明强干，也最为他所倚重。但若按照嫡长子继承制，朱标的长子朱雄英是不二人选，可惜他在10年前就死了，这样朱标次子朱允文就成为首选。但朱元璋担心朱允文儒雅仁柔，难以担负起治理国家的重任。
此外，朱元璋也曾考虑过要从其它几个儿子当中选择一人，二子秦王朱樉此时最长，但他实在是荒唐成性，难成大器，三子朱棡有谋逆之嫌，倒是四子燕王朱棣，文韬武略，是个不错的人选。
一次，朱元璋对几个心腹大臣流露出立燕王的可能性时，翰林学士刘三吾认为不可，“立燕王，置秦、晋王于何地？且皇长孙四海归心，皇上无忧矣。？”
可见立继承人的问题实在是个很叫人为难的事情，即便是杀人如同掐死一只蚂蚁的朱皇帝也不得不小心翼翼，头痛不已，四子朱棣封燕王，封地在燕京，燕京为南京之屏障，北方瓦刺一直是大明王朝的心腹大患，由燕王在此镇守，朱元璋很是放心，因此在众王之中，也是以燕王实力最为强大，但若立朱棣，其他王子也会觊觎王位，必然会引起争夺，朱标虽亡，但嫡子朱允文尚在，所以明□□朱元璋就视朱允炆为嫡长孙，权衡利弊之后，决意立朱允文为王位继承人，这样也比较合乎古法，然而这位一路杀伐而来的老皇帝似乎忘了自来就是强者为王的道理，朱元璋曾出一上联，让朱棣和朱允文对下联，上联：风吹马尾千丝动，朱允文对：雨打羊毛一片毡，朱棣对：日照龙鳞万点金，谁高谁下，一望可知，朱允文登基座殿，是为建文帝，不过四年，屁股尚未坐热，四叔便兵临城下，此便是历史上的靖难之役，宫中的一场大火之后，朱允文从此下落成谜。
朱棣登基，是为永乐帝，之后，便命郑和下西洋，随行精兵六万，此举一般人都认为是在追寻朱允文的下落，但建文帝的下落始终是个谜团，象梦魇一样在朱棣的心头挥之不去，为此郑和七下西洋，寻找朱允文。永乐一系，传至崇祯帝，大明王朝已是风雨飘摇，大厦将倾，内有李自成，张献忠之乱，外有女真族乘机而动，内忧外患，危如累卵，幸有冀辽督师袁重焕拒敌于宁远城，一炮结果了创下后来大清王朝276年基业，被追封为清□□的□□哈赤的老命，继承汗位的□□哈赤的儿子皇太极比之其父有过之而无不及，一招离间计，刚愎自用的崇祯帝将袁崇焕凌迟处死，崇祯此举，无异于自毁长城，自废武功，最后被迫煤山自缢，朱氏子孙多为起义军和清军剿杀，几乎绝种。
皇太极北京称帝，改号大清，后猝死，传言为其弟多尔衮所害，皇太极八子福临登基，是为顺治帝，多尔衮摄政，累加封为父皇摄政王，后多尔衮坠马身亡，先追尊为成宗义皇帝，仅仅一个月之后被顺治帝追论谋逆罪削爵。
？顺治二十四岁出家，其子八岁玄烨登基，是为康熙帝，鳌拜等四大臣辅政，后康熙诛鳌拜而亲政，康熙共计子女35人，立二阿哥胤礽为皇太子，之后两废两立，晚年更是上演一出九子夺嫡的宫廷故事，后来康熙猝死，帝位