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除了《四库全书》外，在《四库全书存目》里也收录了其他一些西方著作。比较而言，前者所收多为科学性质的书籍，如天文地理，数学测量等，后者则主要是宗教性书籍，如《七克》讲天主教的七宗原罪，《天主实义》、《二十五言》、《辨学遗牍》、《畸人十篇》、《灵言蠡勺》、《空际格致》、《寰有铨》等，均是宗教理论及神学方面的图书，明显地看出，清朝官方的态度是肯定西方的科学，反对西方的宗教。
《四库全书》编纂时期，正是清廷禁教之时，对天主教书籍以存目方式介绍的同时，也进行了严厉的批驳。《四库全书总目》批驳利玛窦《辨学遗牍》说：“利玛窦力排释氏，故学佛者起而相争，利玛窦又反唇相诘，各持一悠谬荒唐之说，以校胜负于不可究诘之地。不知佛教可辟，非天主教所可辟；天主教可辟，又非佛教所可辟，均所谓同浴而讥裸裎耳。”（37）又批驳《二十五言》说：“西洋人之入中国，自利玛窦始，西洋教法传中国，亦自此二十五条始，大旨多剽窃释氏，而文词尤拙。盖西方之教，唯有佛书，欧逻巴人取其意而变幻之，犹未能甚离其本。厥后既入中国，习见儒书，则因缘假借以文其说，乃渐至蔓延支离，不可究结，自以为超出三教上矣。附存其目，庶可知彼教之初，所见不过如是也。”（38）对李之藻编《天学初函》评论道：“西学所长在于测算，其短则在于崇奉天主以炫感人心。所谓自天地之大以至蠕动之细，无一非天主所手造，悠谬姑不深辨，即欲人舍其父母而以天主为至亲，后其君长而以传天主之教者执国命，悖乱纲常，莫斯为甚，岂可行于中国者哉！”（39）甚至在对自然界的认识上，均不认同西学，四库总目评《空际格致》云：“西法以火气水土为四大元行，而以中国五行兼用金木为非。……欲以强词夺之，乌可得乎？适成其妄而已矣。”（40）清廷在社会上禁止基督教的传播，在学术上对其教义、道理也作出多方面的批评，同时，对传教士传入的科学知识也越发采取批驳和抵触的态度。
清朝虽然否定西学根本上的合理性，但认为西方某些科学知识却甚为可取，尤其是对有利于国计民生的实用性科学多加以肯定。四库总目评利玛窦《乾坤体义》云：“是书上卷皆言天象，以人居寒暖为五带，与周髀七衡说略同。以七政恒星天为九重，与楚辞天问同。以水火土气为四大元行，则与佛经同。至以日、月、地影三者定薄蚀，以七曜地体为比例倍数，日月星出入有映蒙，则皆前人所未发。其多方罕譬，亦复委曲详明。下卷皆言算术，以边线、面积、平圆、椭圆互相容较，亦足以补古方田少广之所未及。虽篇帙无多，而其言皆验诸实测，其法皆具得变通，可谓词简而义赅者。”（41）在器械科学上，清廷亦十分推崇西洋之器，四库总目评王征《奇器图说》云：“制器之巧，实为甲于古今，寸有所长，自宜节取，且书中所载，皆裨益民生之具，其法至便，而其用至溥，录而存之，固未尝不可备一家之学也。”（42）至于熊三拔撰写的水车制作程序，若“推而广之，足以利民生也”。（43）在地理书类，清廷认为艾儒略《职方外纪》一书颇有价值，有助于人们认识世界地理状况，书中言及五大洲各国之风土、民情、气候、名胜等，颇有兴味，并载有发现美洲之事。书前后附有万国舆图，北舆地图，南舆地图，足以纠正中国古人天圆地方之许多谬见。尽管四库总目认为它“所述多奇异不可究诘，似不免多所夸饰”，但仍存之以广其闻：“所纪皆绝域风土，为自古舆图所不载。……前冠以万国全图，后附以四海总说”，“天地之大，何所不有，录而存之，亦足以广异闻也”。（44）
余嘉锡《四库全书总目》称其“别白是非，旁通曲证，使瑕瑜不掩，淄渑以别，持比