实力大损的修奈泽尔被迫启动计划，下令日向夏英格从北方基地进发轰炸霓虹，新武器芙蕾雅展现了惊人的威力，北方战线联邦元帅在与夏英格交锋中负伤，未能阻止新武器弹头落入霓虹。
最终京都伏见、东京租界等各个城市均受到不同程度的损害。
在悲痛和愧疚之中，联邦霓虹同盟暂缓了作战，枢木首相和皇神乐耶返还本土安抚民心，然而远在帝国的鲁路修终于意识到事情的严重性，在繁杂的情报中找到，修奈泽尔试图使用绝对制空天空要塞达摩克利斯与搭载的新武器芙蕾雅轰炸帝都潘多拉贡。
为了疏散帝都居民，千钧一发之际，鲁路修与家臣杰雷米亚哥特巴尔德以及地方贵族控制频道进行电视直播，亮明身份以及揭发二皇子的轰炸计划请求帝都军民尽快疏散，然而信者寥寥。
修奈泽尔如愿以偿消灭帝都潘多拉贡，第一皇子以及诸多皇族也丧生于帝都，然而这一步并没有让他握住胜利，皇帝早已离开皇宫召集骑士团准备讨伐二皇子；
原属于二皇子的帝国特别派遣向导技术部在面对轰炸计划和二皇子的政变时无所适从被软禁在北方大草原的庄园之中，而这一切早已被鲁路修洞察，并在轰炸之时安排EU志士瑛斗和蕾拉潜入作战救出众人；被皇帝抛弃的帝都幸存者在浩劫之后也有了不同的想法，权势的天平开始向第三方倾斜。
虽然已经握有力量，但要讨伐皇帝和二皇子仍力有不逮，鲁路修内心所追求的答案也未能获得，为了继续前进，鲁路修只身前往曾经战斗的地方-霓虹。
皇帝对二皇子的讨伐战中，四大骑士团和十二位圆桌骑士在大西洋登陆欧洲讨伐二皇子的新贵族新青年势力，虽然二皇子手握芙蕾雅但对于正面战场效果有限只能勉强击退圆桌骑士，四大骑士团在夏英格的新机体面前付出极大的代价艰难取胜，修奈泽尔为了保存实力向东撤退，皇帝军则接管西欧各地军队。
可是在皇帝入主欧洲的行宫之时，意外的两人早已等候在御座之前。预想到二皇子败退的鲁路修在eu志士的帮助下一枣等待在行宫中准备刺杀得胜的皇帝，随行的第一骑士与朱雀展开殊死搏斗。
鲁路修此时向皇帝询问母亲死亡的真相，得知其母的死是皇帝为了维护皇室体制需要弹压新生代骑士的代价，悲伤崩溃的鲁路修随之质问皇帝为何抛弃帝都潘多拉贡的人民，获得相似的回复。
然而，皇帝没有意识到，这场刺杀实际上是面向全帝国全世界的电视直播，第一位区域起义的领袖和悲伤的皇位继承人，为和平的可能性谋划的刺杀戏剧，精通皇室斗争的皇帝并不精通如何带来和平。皇帝和第一骑士去世，帝国首都不存，各地军队陷入混乱，这时二皇子同样获得了喘息的时机。
为了稳定帝国内部与未来战后和平，鲁路修与枢木首相、联邦元帅兼总理、EU复兴同盟总司令、帝国各地贵族以及各国各地区代表于联邦人工岛上举行鲁路修第99代皇帝加冕以及超合众国宪章表决仪式，并发表名为零之安魂曲的演讲，宣言世界和平与反对武器恐怖主义，决议讨伐最后的敌人修奈泽尔，同时二皇子方接收了EU境内多数贵族势力，并谋划绝对制空天空要塞达摩克利斯的最终阶段。
为了避开鲁路修的阻击，达摩克利斯以西方路线升向天空，然而这时却受到llx的部队从西面的进攻，从特派口中知悉达摩克利斯升空计划的llx，早已以录像的方式完成仪式，在刺杀皇帝后发布，并调度三方军力阻击达摩克利斯，以太空降落技术投射特战部队红莲圣天八极式、兰斯洛特Albion、神虎完成合围，并以新技术破解芙蕾雅弹头，以极低损失攻破达摩克利斯，终结修奈泽尔势力。
战后，皇帝llx迎娶平民绿发女性，推进体制改革，在一次芙蕾雅技术