王敦的忌惮，于是表请温峤担任自己的左司马，目的是要把他捏在自己手心里。明帝无力阻挡，温峤只得离开了建康。
温峤一到武昌，就对王敦讲起帝舜服事唐尧、周公辅佐成王的故事，暗中希望他能幡然悔悟，效忠晋室。岂知王敦志在夺取皇位，哪里听得进半句！于是温峤便装出恭敬的样子，勤勤恳恳地为王敦办理公务，并不时出谋划策，投其所好。王敦也逐渐对他有了好感。钱凤是王敦最宠信的心腹谋士，温峤又百般结好钱凤，经常为他吹嘘，说他“满腹韬略”。温峤素有知人的美名，得到他的称赞，钱凤自然十分高兴，也就深深地结好温峤。不久，丹阳（今南京市南）尹空缺，温峤便对王敦说：“丹阳是京师的咽喉，最好由明公选良才担任；如果由朝廷任命，只怕不合明公的心意。”王敦一听有理，就问：“你看谁去合适？”温峤明知王敦离不开钱凤，却故意说：“我认为没有比钱凤更合适的了。”钱凤一听，也赶紧推荐温峤。这一来，正中温峤的下怀——目的就是借机离开王敦，好替朝廷效力。表面上却百般推辞，说自己能力差，不足当此重任。王敦哪里肯依，任命温峤为丹阳尹，并要他暗中观察朝廷的虚实，随时向自己报告。
温峤担心自己一走，钱凤就进谗言，致使王敦改变主意，追回自己。于是心生一计，在王敦为他举行的饯别宴会上，温峤起身行酒，到了钱凤面前时，钱凤还没有来得及饮，温峤便装出喝醉的样子，用手版将钱凤的帽子击落于地，严厉地说：“钱凤算什么东西？我温太真敬的酒竟敢不饮么！”弄得钱凤十分狼狈。王敦以为温峤真的醉了，连忙将两人劝开。第二天，温峤临出发前，与王敦话别，又是鼻涕又是眼泪，好不伤心。几次出了阁门又返身回来，显出和王敦难舍难分的样子，最后才上了路。果然，温峤刚走，钱凤就对王敦说：“温峤向来和朝廷关系密切，又与朝臣庚亮等人交往很深，只怕不可轻信。”王敦不满地说：“太真昨天喝醉了酒，稍微得罪了你，你怎能因为这个原因就来说他的坏话！”钱凤无言对答。温峤终于机智而巧妙地脱离了虎口。
温峤一到建康，立即把王敦的叛逆活动全部报告了晋明帝，劝晋明帝早作准备，又和庚亮等人共同商量讨伐王敦的计划。王敦知道后，咬牙切齿地说：“我为小物年欺！”并扬言：待活捉温峤后，要亲手将他的舌头拔出来。
可是，迟了！晋明帝决意讨伐王敦，部署已定，于太宁二年（公元324年）下诏历数王敦的罪恶。王敦*然大怒，再次起兵进攻建康。然而，此时他已重病在身，只得命其兄王含为元帅，与钱凤等率水陆大军五万，直扑建康南门外的秦淮河。叛军在兵力上占优势，又是拼命而来，兵锋颇锐。东晋方面统率秦淮河北岸诸军的，正是大将温峤。温峤见寡不敌众，就下令烧毁河上的浮桥。明帝正想亲自率军进攻叛军，听说浮桥被烧，以为温峤胆怯，大为恼火。温峤解释说：“眼下宿卫部队人少势弱，四方援兵未至。叛军狼奔豕突，万一危及社稷，后果不堪设想。陛下何必爱惜一座桥？”过不多久，王含、钱凤率叛军蜂拥而至，却被阻隔于秦淮河南岸，无法前进，时间一长，士气渐渐衰竭。东晋方面的援军却在苏峻、刘遐等率领下，源源不断地开赴战场。温峤看准时机，与苏峻等一起，夹水猛击叛军，大败王含。王敦接到败报，又急又怒，一命呜呼。叛军土崩瓦解，王含、钱凤都被杀死。延续二年的王敦之乱�