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第二天清晨，拿破仑召来贝尔蒂埃和新任命的海军司令冈托姆，同他们密谈了2个小时，最后决定立即回法国。他命令冈托姆赶紧备妥2艘快速三桅船和2艘小船，外加四五百人两个月的粮食。他嘱咐贝尔蒂埃和冈托姆二人要严守秘密，不得走漏半点风声。8月5日，拿破仑离开了亚历山大港，10日到达开罗。为了掩人耳目，他派人放风说，他要去上埃及考察尼罗河三角洲，并要求开罗的政务会议在他不在时，按时向他报告当地的情况。军中谁也没人怀疑这一消息的可靠性，因为去考察尼罗河三角洲是拿破仑早已决定了的事。
拿破仑一行四五百人离开开罗，抵达亚历山大港。8月22日，拿破仑宣布，随他从开罗来的全体官兵的目的地是法国。全体官兵一阵欢呼雀跃，人人脸上显出极为兴奋的表情，他们早就在埃及呆够了。
在这里，拿破仑会见了梅努将军，他命他继续留在埃及，并对他说：“我要回巴黎去，我要驱散那些愚弄我们而不能治理共和国的律师。我将成为政府的首脑，我要团结一切党派，我要恢复意大利共和国，并且要稳固地占有这块美好的殖民地。”
此后，拿破仑又故意安排了一场明知自己不能赴约的约会，他邀请克莱贝尔将军到罗塞达来，同他会商极为重要的事情，他给克莱贝尔留下一封信，任命他为军队总司令，继续留在埃及，并授权他可以自由考虑撤出埃及的事宜。他在信中说：“考虑到英国舰队会随时出现，我决定把动身日子提前两三天。同我一起走的有贝尔蒂埃、拉纳、缪拉、安德列奥西和马尔蒙诸将军以及蒙日、贝托来先生。附上6月10日前英国和法兰克福报纸多份。您可以从中看到我们已经失去了意大利，而曼图亚、都灵和托尔托纳三处被围困。我有理由期望曼图亚可以坚守到11月底，我想在10月之前到达欧洲。……因为我乐于以后世的好起作为对我一生中艰难困苦的奖赏，我是抱着深深的遗憾离开埃及的。国家的利益、国家的荣誉、天职的责任感和国内发生的非常事态使我决定从敌人的舰队中间冲出去，回到欧洲。我的心永远同你们在一起。我像我在你们中间的时候那样，珍重你们的胜利。如果我一日不去帮助我托付给您的军队或者不去巩固基地早已打好的宏伟大厦，那我就是非常不称职的了。〃拿破仑相信这封信到达克莱贝尔将军手上时，他已在海上了。他想以这种方式逃避克莱贝尔的责备和避免面对他那倔强戆直的脾气。
8月23日，夜色正浓，在微弱的星光下隐隐约约可以看见海面上前来警戒的海防舰。
拿破仑一行悄然登上舰船，开始了焦躁不安的大海航行。
船队在顶风中上下颠簸，航程单调乏味，拿破仑不停地在甲板上踱步。他对回国是否受到欢迎没有把握，对法国国内的事态也只知道一鳞半爪，海上又布满了敌人的船舰，时刻都有被俘的危险，所有这一切在拿破仑的心里投下了阴影。拿破仑严密监督着他每道命令执行的情况，出现一片最小的帆影也会令他陷入不安，他非常担心会成为英国人的俘虏。他不断告诫海军司令，不要遵循通常的航线，而要驶向外海。“我希望，〃他说：”你一直沿非洲一边航行到撒丁岛以南，我这里有一小队勇敢的伙伴和几门炮。万一英国人追上我们，我立即上岸，带上这伙人走陆路到奥兰、突尼斯或者别的什么港口，从那里我们会找到办法回国的。“
经过40多天的艰难航程，拿破仑船队成功地躲过了英国舰队的拦击，于10月8日到达法国南岸弗雷居斯海峡附近的港口。10月9日黎明，拿破仑一行在土伦东边的弗雷居斯镇上岸了。当这个小镇得知拿破仑将军回来了，平静的小镇立刻欢腾起来。人们抬着拿破仑和随他一起回来的每一个成员从岸边走上大街