，启蒙思想家、科学家莱布尼茨不但认真阅读儒家经典，还直接跟在华的耶稣会士通信，以了解更多的孔学知识，他也成为第一个系统介绍周易和六十四卦的西方人；
另一位德国人、数学家沃尔夫更推崇孔子，认为中国“靠着治国之术（孔学）使这个国家在所有方面都超过了所有别的国家”，和使用拉丁文的莱布尼茨不同，他直接使用德语在各大学巡回演讲，影响更大。
有趣的是，孔夫子同样引起王室的兴趣，早在1688年，法国“太阳王”路易十四就派张诚、白晋等五名教士访华，这五人都是法兰西学士院的博学之士，在中国期间，他们积极学习、搜集中国政治、文化典章、制度，并参与清廷多项重要活动，张诚甚至8次陪同康熙巡视蒙古，并担任了中俄尼布楚条约的翻译，他们通过书信和回国陈述，更系统、更准确地介绍了儒学及其治国理论，在他们的推动下，儒学的“忠君思想”被主张大一统的路易十四大力推广，中国科举取士的制度也被一些王室采纳或考虑。
应该说，王室和启蒙主义者各看到了孔子思想和儒学的一角，两个“孔夫子”斗争的结果，是代表民意的启蒙主义者大获全胜，这种被善意误会了的孔学，也因此成为西方近代启蒙运动，甚至法国大革命的原动力之一。
同样有黑暗时期
然而好景不长，随着孔学的传播，不同声音也越来越响亮。
一种声音来自天主教本身。允许中国教徒尊孔祭祖的政策在耶稣会中本有争议，到达中国传教较晚的圣方济各会出于争夺在华传教主导权的目的，不断在教廷和整个欧洲挑起对孔学的争论，目的是把孔学打成异端。其代表人物利安当（黎玉范）于1643年向教廷提出17项指责，将孔学贬为异端，尊孔称为偶像崇拜，要求教廷下令禁绝，他甚至喊出“我们到这儿（中国）是要传播福音，不是来做孔子门徒”的口号，使争论白热化。在这些声音的挑唆和压力下，教廷几经反复，终于在1704年11月20日，由教皇克勉十一世发出禁约，把孔学称为异端邪说，严禁中国教徒尊孔祭祖，并对违反禁约纵容此行为的传教士作出开革出教的威胁。此举非但激怒康熙，导致天主教在中国的被禁，也同样成为宗教势力围剿欧洲孔学的冲锋号。
在这种压力下，许多保守派人士开始以“亵du上帝”的名目反击儒学宣传。安松在《环球旅行记》中就侮蔑“中国人都是贼”，1700年意大利人费内隆《死者的对话》更杜撰了苏格拉底对孔子的痛斥；1723年，普鲁士国王腓特烈&；#8226；威廉一世以“反对圣经”的口实，勒令正在其境内巡回演讲的沃尔夫48小时内离境，否则绞死，一时间反孔声浪甚嚣尘上。
然而当时启蒙思想深入人心，来自教廷的指责反倒激发了各界对孔学的更大兴趣，沃尔夫在遭打压后非但未销声匿迹反倒名利双收，就是明证。
另一种声音则来自对孔学的理性思辨。法国大哲学家孟德斯鸠一方面称赞儒学重视道德、重视农业、崇尚礼教，一方面指出，其片面忠君思想将导致君主专权，并剥夺“人民的荣誉感”；对近代科学持怀疑态度的卢梭则认为，孔学使中国经济文化发达，而这种发达恰成为“道德败坏的温床”。和教廷出于宗教偏见的攻击不同，这些声音是理性思考的产物，虽然这种思考并非建立在对孔学的深入了解上，但这种思潮的出现，体现了欧洲人开始从盲从中清醒，开始重新架构属于自己的思想体系。
大革命、思想解放和工业革命，使得欧洲的政治、经济、文化突飞猛进，原先对中国的羡慕和景仰，也渐渐被轻蔑所代替，孔学也在这样的背景下在西方逐渐式微。
18世纪后期，德国哲学家赫尔德公开站出来反对“中国癖”，认为中国社会尚处于“幼儿期”，