的情况下说服了原三大贝勒默许，年少的三兄弟忍泣吞声，其后，皇太极又将莽古尔泰和德格类的正蓝旗收归己有。
从此，他独领两黄一蓝三旗，在八旗中实力最强。
可以说，皇太极凭借着一些列令人眼花缭乱的手段，已经获得了绝对的实力和权威，但他依然不满意，借着旅顺兵败的借口，他要做的事情还很多。
首先是向旗权开刀，皇太极称汗伊始，就着手削减诸王旗权，断然提高固山额真的地位和职权，命他们参议军国大事，天聪五年他就已经效仿明制，设定了后金主要的行政机构如吏、户、礼、兵、刑、工六部，原来各部都是由各贝勒兼任主管，下设满承政两员、蒙古承政一员、汉承政一员，参政八员，启心郎一员。参政以下各官员各部数额不一，借着这次的兵败，皇太极处置完户部尚书德格类之后即下令，停止贝勒领部院事，将六部的权利全部控制在自己的手中。
随后又颁布《离主条例》，规定：凡牛录属下人，或奴仆有讦告其主私行采猎，隐匿出征所获，擅杀人命，奸污属下妇女，战士有功不报，压制申诉等项属实者，准予离主。
最后，借着旅顺兵败的东风，皇太极抛出了蓄谋已久的蒙旗军和汉旗军的构建设想，并获得通过。
在这之前，投奔后金的蒙古部落都被编成牛录，大部分归在满八旗的名下，比如喀尔喀部，科尔沁部等，这就是满八旗下有百分之二十的蒙古人的原因，老汗时代只有两个蒙古旗是独立的，现在皇太极决心把所有蒙古各部都独立出来，暂时编为五个旗，科尔沁、奈曼、敖汉各部牛录再加上喀喇沁部的三十个牛录。皇太极实力再次膨胀。
皇太极当初单独建立汉军旗可谓是用心良苦：扩大兵源，以汉攻汉只是表面现象，更深一层的用意在于削弱八旗诸王贝勒的权势，打破他们对军队的垄断，削弱他们手中的权力。从而巩固皇权。
之前的汉军旗其实只有两旗，皇太极早就想将孔耿二人麾下数万汉兵也编入汉军旗，无奈在两人归附的条件中，自己曾亲口允诺过让他二人各自带领本部兵马，自成系统，现在怎么好出尔反尔？
没想到旅顺之战两人大败而归。为了减轻罪责，在心腹苏克萨等的穿针引线下，二人上疏提出主动编入汉军旗，所部兵马交皇太极所领，这可谓正中皇太极下怀。
于是皇太极把汉旗军分为四旗，每旗设牛录十八人。固山额真一人，梅勒章京两人，甲喇章京四人。四旗共计两万四千人左右，孔耿二人加上马光远，石廷柱等分任固山额真。
除了旗权和蒙汉旗外，他还借机抛出了三院、六部、都察院、理藩院，合称三院八衙门制度。进一步削弱旗主权势，加强集权，在官制建置的同时，还推出了武职满名等级制度，但这项制度实行的阻力很大，需要时间慢慢的分化拉拢一批，打击另一批，短时间内还看不出效果。
就这样，凭借一个小小的兵败旅顺借口，皇太极便一石数鸟。大获全胜。在军事上，他独领两黄一蓝三旗和蒙、汉四旗，放眼整个八旗再也无人是他的对手，哪怕其他人勾结在一起。政治上，他不但把诸贝勒的参政权削弱到最小。甚至连旗权都受到了大幅的冲击，可以说，只要他一煽动，其余各旗下辖牛录再也没有之前的那种团结。
然而，皇太极需要平息众人兵败旅顺的怒火，以及否决随之而来再次出兵的提议，他需要时间去消化夺取的这些胜利战果，皇太极的对策很简单，怒火是一回事，利益又是一回事，你们谁不服气的，可以自己去啃啃这块硬骨头。
果然，第三天朝议的时候，镶白旗的多铎在阿济格的撺掇下就跳了出来，大声疾呼说这场失败是无法忍受的，特别是在占据了旅顺之后还被明军赶了出来，这是后金恒古未有的惨败，若不派出大军