击。拿破仑立即命令拉纳的军团强攻勒根斯堡，拉纳元帅用云梯攻打坚固的城墙。“正当拿破仑在和拉纳元帅商量如何夺取勒根斯堡的时候，一颗从远处飞来的流弹击中了拿破仑的右踝，”目击者马博特上尉记述道，“剧烈的疼痛使他倒在了拉纳的身上，拉纳抱住了他； 将他放在了地上。”军医拉雷赶来后发现伤势并不严重，只是脚踝受伤，疼痛难当而已。拿破仑如同以往一样非常走运，子弹如果再偏上几英寸，他就可能终生残废。 然而，拿破仑受伤的流言迅速在军中传开，军官和士兵从四面八方涌了过来。据马博特说：“一时间，成千上万的人不顾敌人的炮火，围在了拿破仑的周围。”为了稳定军心，拿破仑忍痛骑上了战马，“在整个法军阵线上跑了一圈，目的是让他的勇士们看到他如同往常一样在带领他们走向胜利”，但回到驻地时，拿破仑昏了过去。
勒根斯堡和桥梁最后都夺了下来，第一场战役就这样结束。结果，奥军伤亡3万多人（包括俘虏）。但查理大公带领他的大部分人马撤离了战场，向多瑙河对岸的西北方向撤退，其余的军队虽然遭到马塞纳的追击，但在希利尔将军的率领下仍然坚守南岸，目的是牵制法军。初战告捷打消了巴伐利亚、符腾堡和萨克森等莱茵同盟国放弃拿破仑的打算。拉纳、达武、摩顿和伊莱尔在战役中都表现得很出色，拿破仑甚至答应在战役结束后将伊莱尔提升为元帅（可惜他没有活到这一天）。
多瑙河南岸的希利尔继续顽强和法军主力周旋，他的4万人马固守城池，掩护己方的部队越过多瑙河撤退，逃脱马塞纳军团的猛烈追击；然后，完成了阻击任务的希利尔弃城而逃，到北面和自己的主力会合。
拿破仑下令达武追击希利尔，命令法军主力在他的率领下向维也纳挺进。至于查理大公，他的所作所为正中拿破仑的下怀，拿破仑希望和奥军决战。查理大公果然杀了个回马枪，回到多瑙河企图阻止法军进军维也纳。但是，奥军的行动一向缓慢，拿破仑开进维也纳后第三天，希利尔才和查理大公会师。
5月10日，拿破仑抵达维也纳郊区，此时他离开巴黎还不到一个月。在这里，拿破仑遇到的对手不是查理大公，而是哈布斯堡王朝的另一个大公，马克西米利安大公。他紧闭城门，负隅顽抗，法军伤亡惨重。拿破仑委派拉格拉上校前去敦促大公投降，不想遭到城中一支匈牙利骑兵的痛打。拿破仑忍无可忍，立即下令重炮轰击维也纳城，维也纳顿时一片火海。13日，法军攻占维也纳。
连耳聋的贝多芬也无法在隆隆炮声中得到片刻工作的安宁了：“多么可怕的破坏，我所看到的生活秩序和我周围的一切全部打乱了，除了战鼓、炮声和人类悲惨的呼喊之外，没有别的声音……”贝多芬1802年到1805年间对拿破仑的热情和支持烟消云散了，他的第三交响曲原名是“献给拿破仑”现在改为“英雄交响曲”“你们枉谈什么和平？”他问他的出版商，“我不再期待我们这个时代还有什么稳定可言！”
贝多芬的住所就在法军大炮的射程之内，拿破仑则住进了在维也纳另一头的肖恩布鲁恩宫。当晚，一轮满月高悬夜空，拿破仑命令他的侍从武官从皇家马厩里牵出马来，和拉纳元帅一起骑马夜游，卫队紧随其后。可是，根据拉纳的副官马博特上尉记述：“不料拿破仑的坐骑受惊，将拿破仑重重地摔倒在地，拿破仑躺在地上纹丝不动，如同死了一般。我们使他慢慢苏醒过来。虽然拉纳元帅要他打道回宫，可是拿破仑坚持继续夜游。”侍从立即为拿破仑换了一匹温和的马：
当骑马兜风结束之后回到宫廷的花园时，皇帝命令他的随从和卫队以及所有目睹他落马的人都集中到他的身边围一个圈，他告诉大家对任何人不能提及他落马的事。他的卫队对他十分的忠诚，此后