正是这种区别于注重现实的古典儒者的探索精神，让理学诞生到人间。理学虽然诞生于南宋，可在南宋时命运多舛。朱熹晚年，发生了“庆元党禁”，一大批理学家和信奉理学的朝野著名人士被列入伪党名录。理学受到重创，直到南宋灭亡，都未恢复元气。不过元朝初期，蒙古人对思想的宽松政策使理学重获青春。理学就在它倒下的地方（中国南方，当年的南宋地区）站起来，开始发光发热。1314年，元朝皇帝把朱熹特别推崇的“四书”作为科举考试的内容，并且指定朱熹的《四书集注》作为它的参考书。直到此时，理学在全中国被普及，渐渐有了压倒其他思想的权威。
然而，自理学诞生的那一刻到它拥有唯我独尊的地位时，它自身不可避免的缺陷始终像个恶灵一样跟随着它。
首先，理学在“存天理去人欲”的执行上过于严苛。这一点，程颐登峰造极。程颐认为，人生应该严肃，并且要绝对严肃。他曾给小皇帝赵煦（宋哲宗）上课，当时是春天，树枝发出清新的芽，让人怜爱。赵煦趁程颐不注意，折了一根树枝。程颐发现，脸色大变，说：“春天正是万物复苏之时，您怎么忍心折杀它们，这真是没有天理。”这种忽视甚至是扼杀情感的理学，实在让人无法喜欢上它。
其次，理学萌芽于北宋王安石变法时，倡导理学的那些人因为没有政务在身，所以不对政治负责，于是提出了高调的个人道德主义。他们希望每个政治家都应该具备他们所说的个人道德素质，程颐认为，一个出色的政治家必须是完美的道德家，必须要有古典儒家所要求的一切美德：仁义礼智信，甚至包括个人卫生。司马光就曾攻击王安石，认为王安石一年才洗一次澡，连胡子里都是虱子，这样一个连“修身”都做不到的人，怎么能齐家、治国、平天下？！
问题是，个人的道德和能力扯不上半点关系，可理学家非要认定，个人道德是能力的基石，没有个人道德，能力就大打折扣。王安石对那群高弹高调个人道德主义的理学家反击说，你们说的那些都是“壁上行”，根本没有实现的可能。
的确没有实现的可能。程颐还算是合格的，他的一生极端严肃，几乎没有笑过。但别的理学家就没有这种能力了。久而久之，理学家们大谈特谈的“存天理去人欲”渐渐变成说给别人听的口号。正是因为说给别人听，所以调越高越好，这让人在那些严苛的道德规定下无所适从的同时，也注定了理学师傅们不能知行合一。早在朱熹时代的南宋时期，就已经有人指责理学家是道貌岸然的伪君子。说一套却做一套，理学宗师们规定的那些道德要求，都是让别人用的，理学信奉者只是讲师，不是实践者。
最后，也是最致命的，理学迈进明朝时，在明朝各位皇帝的努力下，被打造成了国家意识形态。这个变异过程漫长但却相当顺利。明王朝开国皇帝朱元璋建国不久，就在那位充满神话色彩的刘伯温的建议下，全盘接受了元王朝的科举制。朱元璋在思想控制上比蒙古人狠一百倍，他把理学之外的所有学说统统列入异端，甚至是孟子的“吊民伐罪”思想都被他砍了。如此一来，理学一方面作为科举考试的内容，使得凡是想通过读书改变人生的人必须接受，由此普及全国；另一方面，理学由此成了明帝国的唯一思想，成为国家意识形态。
如你所知，一种思想被确定为国家意识形态后，就成了不言而喻的真理。由此会给生活在其中的人带来下面的刻板印象：一切都臻于完美，你只要在它那一套架构中调节自己的生活，补充自己的知识，完善自己的心灵，就一切圆满。本身，理学就有一个严密完整的体系，在这一严密完整的体系中，一切问题都有答案，你不必再去寻找答案。实际上，在一个严密的体系里，你也找不到不同的答案。最有天赋的思想家就是最大胆的怀疑者。但你一旦怀疑，