然而，顾嘉蘅并未就此罢休，他旋即回家乡打点银两，又夺回了楠阳知府之职，此即顾第五次任南阳知府。
但马步衢为了和顾嘉蘅见个高低，不久便再次驱车进京，这次他几乎将家中白银散尽，终于使吏部再次撤去了顾的南阳知府之职。
由此可见，不管他个人品质多好。他也不能免俗。而且还企图为了泄愤，压制抵制他的人。
顾嘉蘅非常佩服诸葛亮的人格，对其当年躬耕地卧龙岗十分仰慕，于是重修武侯祠。
他曾亲自主持修缮事宜。高台堂院增新。高楼砌以砖石。并在祠之南建龙角塔。
他还注意丰富武侯祠的文化内涵，曾将颇能体现诸葛亮立身治国的《诸葛亮文集》中《将善》、《兵权》等四篇文章书后镌刻于祠内，并作有多篇怀古诗文。
加之他喜欢书法。至今武侯祠由他亲书的匾额有四方，对联有六副，题咏石刻等达十几块。
南阳于元朝设府，历代均有修葺，顾嘉蘅的前任知府岳兴阿曾于道光二十七年春对其进行大修，使百废俱举。
但至咸丰元年，府衙中又有不少建筑浸圮毁坏，于是顾嘉蘅便进行了一定规模的修葺补建。同时他还在府衙的后院、内宅周围增建不少建筑，并亲自题写名字。
不管怎样，顾嘉蘅在满清末期确属能吏。
他调升南阳知府后，首先注意的是安抚百姓，认真审理积压下来的案子。
在初任知府的数月间，顾嘉蘅仅清理积案就达三百余起，并注意整顿社会治安，稳定了楠阳当时的社会秩序，受到百姓好评。
顾嘉蘅对军事上事务也很重视，尤其是对楠阳的城防工事。
顾一方面抓紧组织团练，一方面修筑浸圮的楠阳城池。
顾嘉蘅这次对南阳城的修建是前所未有的，城高两丈，南北月城门可直达正门。
顾嘉蘅还在正门和月城门上方、拱券外面逢中各加上一块石刻横额。
东门外曰“中原冲要”，内曰“楚豫雄藩”。
西门外曰“控制秦关”，内曰“吕城肇封”。
南门外曰“车定指南”，内曰“荆襄上游”。
北门外曰“星拱神京”，内曰“源朔紫灵”。
他以此来反映南阳地理位置和战略地位的重要。
既然如此重要，他发誓不让楠阳从自己手中丢失。
他采取的战略时，把说有的满清军力全都收缩进楠阳，除了南阳总兵图塔纳直接率领的六千绿营健卒以外，又凑了四千清兵。
总共一万清兵，全部退守进入楠阳城内。
但是这些兵，远远不够守城的需要，顾嘉蘅叹了一口气，对图塔纳说：“老弟，你来负责北门吧！一定要守住，直到援军到达！希望他们能够赶来！”
他已经给驻郑州的满清提督送去了求援信。
其余三道门，顾嘉蘅只好托付给当地大族。
西门，有姜氏大族负责。
姜家是西周姜太公子牙的后人，现代族长姜继周，足智多谋，正是年富力强时期。
他的整个家族成员共有十万余户，十五至六十五的男丁足有四十万！
姜继周抽出最强壮的十万男子，前去首位西门。
以姜继周的足智多谋，他不会老老实实死守西门的。
实际上把已经做好了安排，只等捻军众人一到，就给他们点颜色看看。
他从收集的情报已经知道，这次捻军的骚乱也是飞往场。
听故知府说，他们不但有本地的捻子，还有许多外来的！
不但有外来的，还有大批的援军，据说是南方来的天军！
他们的实力怎么样，没有亲眼见过，听说很厉害！